根据《公报》，我国海洋天然重要渔业水域仍然受到无机氮、活性磷酸盐和石油类的污染，江河重要渔业水域主要受到总磷、非离子氨、有机物和铜的污染，湖泊、水库重要渔业水域主要受到总磷、总氮和有机物的污染，总磷和总氮的污染依然比较严重。因环境污染造成可测算天然渔业资源经济损失36.5亿元，其中，内陆水域天然渔业资源经济损失8.6亿元，海洋天然渔业资源经济损失27.9亿元。
为了保护和修复渔业生态环境，增殖放流和人工鱼礁建设已成为渔业部门实施渔业生态环境生态修复的重要举措。统计显示，2004年投入放流资金1.5亿元，放流鱼类、对虾类、贝类等共计198.1亿尾(只)。
