海洋天然重要渔业水域仍然受到无机氮、活性磷酸盐和石油类的污染，东海区部分渔业水域中无机氮、活性磷酸盐、铜和石油类的污染相对较重；黄渤海区部分渔业水域中无机氮污染相对较重；南海区部分渔业水域中石油类的污染相对较重。在海洋渔业水域的沉积物中，锌、汞平均含量符合评价标准，部分区域镉和砷有不同程度超标。海水重要养殖水域重金属平均含量均符合评价标准，部分水域受到无机氮、活性磷酸盐的污染，东海部分养殖水域无机氮污染相对较重。
江河重要渔业水域主要受到总磷、非离子氨、有机物和铜的污染，黄河部分渔业水域中非离子氨、总磷、有机物和重金属铜的污染相对较重；黑龙江等部分渔业水域中非离子氨、总磷和有机物的污染较为严重；辽河、鸭绿江等部分渔业水域中石油类的污染相对较重。湖泊、水库重要渔业水域主要受到总磷、总氮和有机物的污染，总磷和总氮的污染依然比较严重。
2004年度与2003年度相比，海洋天然重要渔业水域石油类和化学需氧量的超标比例有所下降，但活性磷酸盐和铜的超标比例有所上升；重要养殖水域活性磷酸盐、石油类和铜的超标比例有所降低，但化学需氧量的超标比例有所升高。内陆江河重要渔业水域非离子氨的超标比例有所下降，总磷、高锰酸盐指数、石油类及重金属铜超标比例有不同程度上升。湖泊、水库重要渔业水域的总磷和高锰酸盐指数的超标比例有不同程度的上升。
为了保护和修复渔业生态环境，2004年，各级渔业主管部门积极采取措施，在继续实施海洋伏季休渔和长江禁渔期制度的同时，进一步加强了增殖放流、人工鱼礁建设、环境影响评价、自然保护区建设和水生野生动物保护工作，其中，增殖放流和人工鱼礁建设已成为渔业部门实施渔业生态环境生态修复的重要举措，统计显示，2004年，全年投入放流资金1.5亿元，放流鱼类、对虾类、贝类等攻击共计198.1亿尾（只）；全国沿海各省市累计建设各种类型人工鱼礁33处，建设总体积超过了50余万空立方米。
《公报》显示，2004年，污染渔业水域的事件仍然频繁发生，造成渔业损失严重。据统计，全国共发生渔业污染事故1020次，直接经济损失10.8亿元，与2003年相比，虽然污染事故发生次数略有下降，但直接经济损失增加了3.7亿元，增幅达52.1%。因环境污染造成可测算天然渔业资源经济损失36.5亿元，其中内陆水域天然渔业资源经济损失8.6亿元，海洋天然渔业资源经济损失27.9亿元。
《中国渔业生态环境状况公报》现已成为农业部和国家环境保护总局每年的例行工作，重点关注渔业生态环境中最重要、最敏感、最脆弱的鱼类产卵场、仔幼鱼的索饵场及重要经济鱼类的增养殖区的环境质量状况，这些区域的环境质量直接关系到水生生物多样性、渔业资源、水产品质量乃至人民群众的生活，为此，渔业行政主管部门表示，将在可持续发展战略方针指导下，切实履行法律赋予的保护渔业生态环境的职责，保护渔业资源和生态环境，全面推进传统渔业向生态渔业的转变，为改善人民的生活水平，保障人民群众身体健康，实现经济社会的和谐协调发展做出贡献。
