修改后的制度与日本对美国、欧盟出口的卫生证明制度相同，均由都道府县、保健所进行卫生检查并发行证明书。对于生鲜水产品，若是相同品种、相同设施、相同加工场所，有可能实行半年一次或定时检查。
日本厚生劳动省最近将修改向中国出口水产品的卫生证明制度。原有的证明制度是2003年7月由日本厚生劳动省开始注册实施的，到目前为止日本共有7所地方厚生局能对出口至中国的每一批水产品开出卫生证明书。然而这一制度存在以下几个方面问题：第一、卫生检查很费时，生鲜食品不能及时出口；第二、根据日本食品卫生法，没有营业许可证的部门，不能注册开具卫生证明；第三、对进行一次加工的渔船，发行卫生证明具有一定的难度等。
