海洋天然重要渔业水域仍然受到无机氮、活性磷酸盐和石油类的污染；海水重要养殖水域重金属平均含量均符合评价标准；海洋渔业水域沉积物中，锌、汞平均含量符合评价标准，部分区域镉和砷有不同程度超标；江河重要渔业水域主要受到总磷、非离子氨、有机物和铜的污染；湖泊、水库重要渔业水域主要受到总磷、总氮和有机物的污染，总磷和总氮的污染依然比较严重。
《公报》显示，与上年相比，2004年渔业污染事故发生次数略有下降，但直接经济损失增加3.7亿元。2004年内陆水域发生渔业污染事故941次，污染面积约21.1万公顷，直接经济损失约1.9亿元，其中经济损失在1000万元以上的特大渔业污染事故3次，如3月到5月在四川沱江和球溪河、7月在淮河和洪泽湖、9月在湖南省南洞庭发生的特大渔业污染事故；海洋渔业污染事故79次，污染面积约2.8万公顷，造成直接经济损失约8.9亿元，其中经济损失在1000万元以上的特大渔业污染事故7次，主要发生在山东、浙江沿岸重要渔业水域和珠江口等区域。
渔业生态环境是水域生态环境中最具生命活力的区域，《中国渔业生态环境状况公报》重点关注渔业生态环境中最重要、最敏感、最脆弱的鱼类产卵场、仔幼鱼的索饵场及重要经济鱼类的增养殖区的环境质量状况，这些区域的环境质量与水生生物多样性、渔业资源、水产品质量乃至人民生活均有着密切的相关关系。
