环保合作侧重九龙江晋江流域
三地联合通过的行动纲领中，在共同保护环境方面，侧重保护九龙江流域和晋江流域的生态环境，强化区域内风景名胜资源、水资源和近岸海域水环境的保护，严格控制污染物排放，完善监测网络和治理设施。
资源方面，三地决定重点保护沙滩、湿地、红树林、火山地貌、海蚀景观、海底古森林等珍贵资源。完善区域绿地系统，做好三市接壤地区生态敏感区保护，加大城市环境综合整治力度，改善人居环境质量。
海域资源管理重点解决五大问题
海洋行动纲领通过五大方面的内容，通过相关对策解决五大问题。共同打击违规捕捞，维护海上生产秩序，保障港口安全和厦金航线安全畅通。主要解决三市共同面临的渔业非法捕捞问题，电炸鱼问题，伏季休渔问题以及相应的渔船管理问题。据悉，目前在厦金海域上存在着海上非法捕捞问题，大量船只占航道和在锚地采捕光滑荷兰蛤、鳗鱼苗等。
厦泉线设计该海域内一些养殖户权益及资源的分配问题，同时厦门处在南北两市之间，两条市际线至今尚未解决。三市将在省海勘办统筹协调下，联手解决海域勘界问题。目前三市面临的主要是港口建设以及水下爆破作业日益增多，对白海豚等珍稀水生动物危害极大。
协调海洋环境保护。主要解决安海湾对同安湾的污染问题，解决九龙江流域对厦门湾的污染问题，以及三市共同关注的非法倾废问题，加强水产品质量安全管理。今后，三市在海洋与渔业领域要共同规划和实施海洋功能区划，共同规划和发展海洋经济，协调海洋生态保护。
三市海洋渔业建立沟通协作机制
该机制包含几方面内容，目前拟先利用第二轮厦门海岸带综合管理示范项目——九龙江河口区综合管理的计划与实施项目，建立厦漳海域管理定期协商机制。
情况通报制度，建立平时通联制度，局长联席会议制度。每半年召开一次，会议地点轮流主办，通报各单位海洋管理中的工作情况、研究需要三方或两方共同协作解决的问题。
支队长联席会议制度。每季度召开一次，研究解决海上行政执法中需要共同协作的有关问题。
联合执法打击突出违规行为制度。联合三市海上执法部门，打击重点主要是跨区域的违法行为。
