２００４年全国海水增养殖区的监测数量由２００３年的２６个增加到５０个。监测结果表明，５６％的增养殖区水质状况良好，部分增养殖区海水受活性磷酸盐和无机氮的污染，水体呈富营养化状态。４８％的增养殖区沉积物质量状况良好，部分增养殖区沉积物中粪大肠菌群、有机碳、砷的含量较高。近岸海域养殖生物总体质量一般，部分增养殖区养殖生物体内滴滴涕、多氯联苯、粪大肠菌群、镉、砷、铅出现超标现象，影响了养殖产品质量。养殖生物质量良好、一般和较差的比例分别为２２％、６６％和１２％。
此外，还根据水质状况、病害发生指数和赤潮发生指数得出了养殖环境综合风险指数，结果表明４４％的时间内环境状况优良，适宜养殖；５０％的时间内环境状况较好，较适宜养殖；６％的时间内环境状况较差，不适宜养殖。
