一是科技应用水平较低。科技在渔业发展中的重要地位和作用已逐步显现出来，但科技创新步伐还远不能满足养殖业快速发展的要求，科技投入较低、新品种、新技术引进开发滞后、“产、学、研”结合不紧密、科技成果转化缓慢等，成为影响养殖业健康发展的重要因素。以海湾扇贝养殖为例，我国从20世纪80年代末引进海湾扇贝养殖，到90年代已形成一个相当规模的产业，期间，却未能像农作物品种那样及时地进行更新改良，而是一代一代地近亲繁殖“一养到底”，最终导致大面积病害发生，迅速衰败。
二是整体发展质量不高。可以说，改革开放以来的养殖业发展是一个规模急剧膨胀和依靠数量型增长的过程。如青岛开发区，先后兴起建池养虾、浅海养扇贝、网箱养鱼和海参、鲍建池等多次养殖浪潮，历次浪潮的形成均收到了显著成效。但受生产方式传统、养殖品种单一、结构不够优化，特别是一家一户分散式经营方式制约，养殖业仍以粗放式经营为主，没有形成真正的高中低档品种与多种生产方式相结合的综合发展格局，抵御市场风险的能力较弱，这在一定程度上影响了养殖业整体发展水平的提高。
三是产品转化能力薄弱。目前，养殖产品的加工仍停留在低档次的粗加工、大包装水平，精深加工能力和产品出口基础薄弱，加上加入WTO后的贸易壁垒影响，产品达不到国际上要求的卫生安全质量标准，成为影响水产品出口创汇和养殖业增效的“瓶颈”。
四是海域开发利用不平衡。地区间相比，发达地区海域资源超负荷利用，特别是沿海岸带工业项目建设占用规模的不断扩大，致使海域供求矛盾日益突出，而欠发达地区海域开发利用不足，导致海域闲置。在地区内部，主要是内湾海域与外部海域开发利用的不平衡。如青岛开发区建区17年来，港口、造船等涉海重点工程占用海域规模不断扩大，截止目前，已占用内湾适养海域5万多亩，加剧了海域供求矛盾，而受自然条件等制约，外部深水海域还仅限于局部沿岸建池养殖、扇贝养殖和少量网箱养殖，尚无法实现大规模开发和由内湾向外部海域的全面转移，成为制约养殖业发展的重要因素。
五是海域环境质量下降。沿海地区人口骤增，大量生活废水，甚至一些未经任何处理的生活垃圾入海排放量不断增加；发达的沿海工业，使大量带有严重污染物质的工业废水、污水不断由陆地排入海中；沿海岸带工业项目建设对海域生态环境特别是养殖业造成不同程度地污染；养殖规模的不断扩大，养殖品种、生产方式的传统单一化，加上人工养殖过程投饵量的增加，养殖业自身污染日益加重，导致海域环境质量日趋下降，已直接威胁到养殖业的健康发展。
