一是养殖规模小。目前我国在欧盟注册的兔肉加工企业共有１３家，其中山东１１家，山东省外的两家企业基本处于停产状态。目前仍在生产的１１家出口兔肉加工企业中，仅有两家企业的５个养兔场年出栏能够达到６万只，其余的养兔场规模小，且基本处于千家万户散养的状态，在用药、用料及卫生防疫方面难以有效控制。
二是检测能力差。目前仍在生产的１１家企业中，仅有一家加工企业能进行六六六、ＤＤＴ、氯霉素检测，多数兔肉出口企业只能做一些常规微生物项目检测，由于生产加工缺乏连续性，实验室检测工作也不能按要求正常开展。
三是质量管理人员流动较大。由于欧盟两年半的封关等原因，出口兔肉加工企业生产难以为继，导致很多质量管理人员流动，目前很难满足保证企业生产管理和产品质量管理的需要。
四是企业有急功近利的倾向。由于欧盟市场兔肉价格较高，欧盟开关后，许多企业出口心切，急于向欧盟出口，往往忽视了疫病疫情防控和残留控制等关键性工作，不能有效保证出口兔肉安全卫生质量。
五是兽药销售和使用仍不规范。虽然有关部门对兽药市场进行了多次清理整顿，但市场上禁用药物仍在销售，肉兔养殖地周围环境恶劣。在用药方面，部分药品管理人员甚至对哪些是禁用药，哪些是限用药，限用药如何使用都不甚了解。饲料生产和肉兔饲养环节存在着很大的药残风险。仅２００４年上半年，山东检验检疫局抽取兔样品６１个，就检出阳性结果１２个，其中禁用药９个。
