第一条 本协定的适用水域（以下称“协定水域”）为中华人民共和国的专属经济区和日本国的专属经济区。
第二条 缔约各方根据互惠原则，按照本协定及本国有关法令、准许缔约另一方的国民及渔船在本国专属经济区从事渔业活动。缔约各方的授权机关，按照本协定附件一的规定，向缔约另一方的国民及渔船颁发有关入渔的许可证，并可就颁发许可证收取适当费用。缔约各方的国民及渔船在缔约另一方专属经济区按照协定及缔约另一方的有关法令从事渔业活动。
第三条 缔约各方考虑到本国专属经济区资源状况、本国捕捞能力、传统渔业活动、相互入渔状况及其他相关因素，每年决定在本国专属经济区的缔约另一方国民及渔船的可捕鱼种、渔获配额、作业区域及其他作业条件。该决定应尊重第十一条规定设置的中日渔业联合委员会的协商结果。
第四条
一、 缔约各方应采取必要措施，确保本国国民及渔船在缔约另一方专属经济区从事渔业活动时，遵守本协定的规定以及缔约另一方有关法令所规定的海洋生物资源的养护措施及其他条件。
二、 缔约各方应及时向缔约另一方通报本国有关法令所规定的海洋生物资源的养护措施及其他条件。
第五条
一、 缔约各方为确保缔约另一方的国民及渔船遵守本国有关法令所规定的海洋生物资源的养护措施及其他条件，可根据国际法在本国专属经济区采取必要措施。
二、 被逮捕或扣留的渔船及其船员，在提出适当的保证书或其他担保之后，应迅速获得释放。
三、 缔约各方的授权机关，在逮捕或扣留缔约另一方的渔船及其船员时，应通过适当途径，将所采取的行动及随后所施加的处罚，迅速通知缔约另一方。
第六条 第二条至前条的规定适用于协定水域中除以下1及2所指水域以外的部分。第七条第一款规定的水域；北纬二十七度以南的东海的协定水域以及东海以南的东经一百二十五度三十分以西的协定水域（南海的中华人民共和国的专属经济区除外）。
第七条
一、 下列各点顺次直线连结而围成的水域（以下称“暂定措施水域”）适用本条第二款及第三款的规定。
北纬三十度四十分、东经一百二十四度十点一分之点
北纬三十度、东经一百二十三度五十六点四分之点
北纬二十九度、东经一百二十三度二十五点五分之点
北纬二十八度、东经一百二十二度四十七点九分之点
北纬二十七度、东经一百二十一度五十七点四分之点
北纬二十七度、东经一百二十五度五十八点三分之点
北纬二十八度、东经一百二十七度十五点一分之点
北纬二十九度、东经一百二十八零点九分之点
北纬三十度、东经一百二十八度三十二点二分之点
北纬三十度四十分、东经一百二十八度二十六点一分之点
北纬三十度四十分、东经一百二十四度十点一分之点
二、 缔约双方根据第十一条规定设置的中日渔业联合委员会的决定，在暂定措施水域中，考虑到对缔约各方传统渔业活动的影响，为确保海洋生物资源的维持不受过度开发的危害，采取适当的养护措施及量的管理措施。
三、 缔约各方应对在暂定措施水域从事渔业活动的本国国民渔船及渔船采取管理及其他必要措施。缔约各方在该水域中，不对从事渔业活动的缔约另一方国民及渔船采取管理和其他措施。缔约一方发现缔约另一方国民及渔船违反第十一条规定设置的中日渔业联合委员会决定的作业限制时，可就事实提醒该国民及渔船注意，并将事实及有关情况通报缔约另一方。缔约另一方应在尊重该方的通报并采取必要措施后将结果通报该方。
第八条 缔约各方为确保航行和作业安全，维护海上正常作业秩序并顺利及时处理海上事故，应对本国国民及渔船采取指导及其他必要措施。
第九条
一、 缔约一方的国民及渔船在缔约另一方沿岸遭遇海难或其他紧急事态时，缔另一方应尽力予以救助和保护，同时迅速将有关情况通报对方的有关部门。
二、 缔约一方的国民及渔船，由于天气恶劣或其他紧急事态需要避难时，可按本协定附件二的规定，经与缔约另一方有关部门联系后，到缔约另一方港口等避难。该国民及渔船应遵守缔约另一方的有关法令，并服人有关部门的指挥。
第十条 缔约双方为渔业科学研究和海洋生物资源的养护而进行合作。
第十一条
一、 缔约双方为实现本协定的目的，设立中日渔业联合委员会（以下"渔委会"），渔委会由缔约双方政府各自任命的两名委员组成。
二、 渔委会的任务如下：
（一）、 协商与第三条规定有关的事项、与第六条第2项所指水域有关的事项，并向缔约双方政府提出建议。协商事项包括如下内容：
1、 第三条规定的缔约另一方国民及渔船折可捕鱼种、渔获配额及其他具体作业条件的事项；
2、 有关维持作业秩序的事项；
3、 有关海洋生物资源状况和养护的事项；
4、 有关两国间渔业合作的事项；
（二）、 协商和决定与第七条规定有关的事项；
（三）、 根据需要，就本协定附件的修改向缔约双方政府提出建议；
（四）、 研究本协定的执行情况及其他有关本协定的事项。
三、 渔委会的一切建议和决定须经双方委员一致同意方能实施。
四、 缔约双方政府应尊重本条第二款第（一）项的建议，并按照本条第二款第（二）项的决定采取必要措施。
五、 渔委会每年召开一次会议，在中华人民共和国和日本国轮流举行。根据需要，经缔约双方同意可召开临时会议。
第十二条 协定各项规定不得认为有损缔约双方各自关于海洋法诸问题的立场。
第十三条 本协定的附件（包括根据本条第二款规定修改后的附件），为本协定不可分割的组成部分缔约双方政府可以书面协议修改本协定的附件。
第十四条
一、 本协定经缔约双方履行为生效所必要的各自国内法律手续后，自两国政府通过换文达成协议之日起生效。本协定有效期为五年，之后有效至根据本条第二款的规定终止为止。
二、 缔约任何一方，在最初五年期满时或在其后，可提前六个月以书面形式通知缔约另一方，随时终止本协定。
三、 一九七五年八月十五日签订的《中华人民共和国和日本国渔业协定》自本协定生效之日起失效。
本协定于一九九七年十一月十一日在东京签订，一式两份，每份都用中文写成日文写成，两种文本同等作准。
中华人民共和国政府代表 徐敦信
日本国政府代表 小渊惠三
注： 《中日渔业协定》尚在双方国内履行批准手续，待批准生效后正式实施。
附件一：
缔约各方根据本协定第二条第二的规定，采取以下许可措施：
一、 缔约各方的授权机关地接到缔约另一方授权机关发来的有关本协定第三条规定决定的书面通报后，向缔约另一方的授权机关申请发给在缔约另一方专属经济区从事渔业活动的本国国民及渔船许可证。
二、 缔约另一方的授权机关按照本协定及有关法令颁发许可证。缔结各方的授权机关应以书面形式向缔约另一方的授权机关通报有关入渔的手续规定（包括许可证的申请和颁发、捕鱼数据的提供、渔船标识及捕捞日志的填写等手续规定）
三、 获得许可的渔船应将许可证置于驾驶舱明显之处，并明确显示缔约另一方规定的渔船标识。
附件二：
按以下规定实施第九条第二款的规定：
一、 中华人民共和国政府指定的联络部门为管辖有关港口的港务监督部门。日本国政府指定的联络部门为管辖避难港口等的海上保安厅的各管区海上保安本部。
二、 具体联系方法在本协议第十一条规定设置的中日渔业联合委员会上相互通报。
三、 缔约各方的渔船与缔约另一方指定的联络部门进行联系的内容有：船名、呼号、当时船位（纬度、经度）、船籍港、总吨位和全长、船长姓名、船员数、避难理由、请求避难的目的地、预计到达时间、通讯联络方法。
