但是，九州地区的农林水产业由于海外廉价产品进口增加、人口老龄化、后继无人等原因而面临严峻的形势。九州地区的农林水产业现正通过引入企业化管理、开发高附加值商品等手段以重振雄风。另外，在山区及孤岛等地，出现了利用自然优势开展绿色旅游、发展生活体验型农林渔业的新动向，试图通过加强与城市的交流与联系来加强农村、渔村的建设。
温暖的气候孕育了九州丰饶的农业，多姿多彩的海岸线造就了九州繁荣的水产业。1998年九州的农业生产额为19236亿日元，占全国的19.5%，从地区板块看仅次于关东地区（22000亿日元），超过东北地区（18900亿日元）。特别是肉鸡（41.5%）、肉牛（40.0%）、蜜桔（37.6%）的产量在全国所占份额很高。另外，九州地区的水产业产值为4860亿日元，占全国的25.8%，从地区看超过北海道（15.5%）和东北地区（15.0%）,是全国最大的水产区。特别是海水养殖业产值高达全国的40.6%。
