筛选抗菌药物的适应症要用药物治疗疾病，就要看哪些药物对该病有效。青霉素类、大环内酯类主要对革兰氏阳性菌如金黄色葡萄球菌、肺炎球菌等有作用；氨基糖苷类、氯霉素对革兰氏阴性菌如大肠杆菌、沙门氏杆菌、巴氏杆菌等效果不错；氟喹诺酮类药物对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌及霉形体均有效。在购买药物时一定要注意，有个别兽药生产厂家为了自己的利益，过分夸大药物作用，他们在药品说明上多写药物的抗菌谱来误导养鸡户用药。如某厂家声称阿莫西林能治疗霉形体病，其实不然。这是因为阿莫西林是青霉素类的药物，此类药物的抗菌机理是干扰细菌细胞壁的合成，而霉形体没有细胞壁，故阿莫西林对霉形体无效。
注意给药途径和方法不同的给药途径和方法可以直接影响药物的吸收和利用，如鸡的消化系统具有消化道短、排空快的特点，在用药时应根据药物的特性和鸡的生理或病理状况选择不同的给药途径和方法。
对于发病急、病情又较重的鸡只，可采用注射法给药，对于口服不易吸收的药物也要采用注射的方法。如氨基糖苷类（庆大霉素、卡那霉素、丁胺卡那霉素等）药物口服时吸收不良，只可用于肠道感染，肌注后却能迅速吸收入血液。
由于鸡的肺泡和气囊面积很大，并有丰富的毛细血管，可以用气雾给药的方法，此法给药时，药物吸收快，作用迅速，不仅能起到局部作用，也能经肺部吸收后呈现全身作用。
在水中容易溶解的药物可用于饮水给药。饮水给药时一般要给鸡停水1～2小时后再投药，每次给药时间应掌握在2～3小时之间，这样不但能让鸡只饮药水量较均匀，还可避免（或减少）由于药物溶在水中的时间过长而被破坏的缺点。
对于不溶（或难溶）于水的药物如呋喃唑酮、磺胺类或一些中草药散剂，就必须采用混料给药的方法。应用此法时为了防止由于服药过量而引起不良反应，除注意掌握饲料中药物的浓度外，还必须把药物均匀拌在饲料中。
选择合适的剂量和疗程药物的剂量是指药物的用量，剂量直接影响药物作用的强度和性质。如果剂量过小，在体内就不能获得有效浓度，即使再敏感的药物也发挥不了治疗作用。剂量过大不但造成浪费，还会对机体产生一定的毒性。在选择药物剂量时一定要按照药品说明用药，不要随意加大剂量，例如磺胺类药物在临诊用药时，一般在开始用药时用较大剂量（首次量加倍），以使血药浓度达到较高程度，以后再根据病情酌减用量。
用药的疗程要视病情而定。一般病症连续用药（指同一种药物，切忌一天换一药）3～5天即可。对一些慢性疾病则应适当延长疗程以巩固疗效，直至症状消失后再用药1～2天，如治疗支气管炎时，疗程不应少于7天，否则极易造成因停药过早而导致疾病复发。
注意抗菌兽药的联合应用使用两种或两种以上的药物即为联合用药，用药的目的是提高药物的防治效果，减弱药物的不良反应。
联合用药后，使治疗效果提高，不良反应减弱或消除，此种效果称为协同作用。
喹诺酮类和林可霉素同时使用能够起协同作用，特别适用于治疗鸡霉形体病和大肠杆菌病。
磺胺类药物和土霉素联合应用时，其结果相当于他们原有作用的相加。
联合用药后出现疗效减弱或消失，毒性增加等现象，这种情况就是配伍禁忌。
硫酸黏杆菌素和氨基糖苷类药物联用可导致神经系统中毒而产生肌肉无力和呼吸暂停的危险。
青霉素类药物对生长旺盛的敏感菌特别有效，而对代谢受到抑制的细菌则效果较差。当青霉素类药物与磺胺类、氯霉素类药物配伍时，青霉素类药物会因失去抗菌作用而无效。
慎用抗菌药抗菌药长期使用会使敏感菌产生耐药性，所以要计划性轮换用药。
抗菌药对鸡病有治疗作用，同时又可能对机体产生有害的副作用。如久用四环素类药可致使一些耐药有害菌大量繁殖，从而继发二重感染。长期使用氯霉素可引起再生障碍性贫血而影响仔鸡生长、增重及蛋鸡产蛋率。
在鸡的免疫接种期间应避免使用磺胺类、土霉素、泰乐菌素等抗菌药物，这些药物可妨碍免疫抗体的产生。
