与养鸡业成本构成一样，饲料成本占养猪业总成本的70%，其中进口饲料占80%—90%。2003年国际饲料价格飞涨，养猪成本大幅攀升，对马来西亚的养猪业造成了巨大冲击。2004年百公斤猪综合成本为532马币，比2000年成本上涨了158马币，为应付不断上涨的饲养成本，猪只业者在2003年10月至2004年4月间，连续12次调高猪只出栏价至每百公斤580马币，高于政府为猪只销售者设定的520马币销售顶价，销售者无法将上涨的猪只出栏成本转嫁消费者，而又不愿赔本经营，由此引发了养猪业者行会和销售者行会之间剧烈的争论。经过政府农业部官员的调解，养猪业者的出栏价有所回落，但仍不能解决根本问题。
比较同期亚洲各国的百公斤猪肉销售价格，韩国为1140马币，新加坡990马币，香港720马币，台湾700马币，马来西亚仅为520马币，价格最低。
1998年到1999年间爆发的立百(NIPAH)病毒导致马来西亚100万头猪被宰杀焚毁，80多人死亡，5000人失业，直接和间接经济损失6亿美元，给马来西亚国民经济和社会稳定造成了严重冲击。马来西亚政府从此加大了对禽畜行业安全及质量监管的措施和力度，要求业者加强对环境卫生、废物处理、厂房设施、虫害防控、屠宰加工、运输、储存和销售等环节的管理，严格按标准和要求运作，推广饲养屠宰加工一条龙运作模式。此举有利于加速饲养业者的整合，提高禽畜业的整体素质，保护消费者利益，但同时也将加重饲养业者的成本和负担，对禽畜业的短期发展会造成一定负面影响，长期看，利国利民。
近年来，马来西亚养猪业没有再发生类似病毒侵害事件，但猪只产能和消费量已经趋于饱和，研究新型替代饲料降低综合成本是业者最为关心的问题。近年，马来西亚农业研究部门也一直在研究降低饲料成本的方案，希望通过真菌和嗜热细菌的生物转化、改善油棕仁渣质量并籍此替代进口饲料，以解决原料外购依赖性强的问题，但该项研究至今没有实质性的进展。
