《转基因条例》对饲料业的影响是间接的，深远的，其中影响最大就是豆粕的价格。2002年，《转基因条例》使豆粕的上游产品大豆进口出现阶段性停滞，大豆进口仅为1132万吨，与往年相比首次出现下降，同比下降19％，其价格也一转往年"熊"态，以接近50%的涨幅"牛"了起来，受其影响，豆粕价格水涨船高，一路攀升，涨幅也达到了40%以上。《转基因条例》改变了中国豆粕以往的供需状况，也改变了整个饲料行业。
一是年初开始，进口豆率先填补了国内的榨油市场。国产大豆经历了去年秋季的抢购热潮后，2003年已提前退出榨油市场。这导致了大豆进口量从3月份开始放大，因产量和政策等多方面因素，中国对大豆的需求异常强劲，对美国大豆的采购从去年8月份开始一直持续到今年的4月初，目前中国已进口美国大豆760万吨，比去年同期高出340万吨。而春节前后，国内北方的油厂因加工亏损已陆续停止采购国产大豆，这实际上意味着从今年3月份以后，国产大豆绝大部分已退出榨油市场，榨油用豆转而完全依赖进口大豆。因此，3-9月份，为满足榨油需求，国内每月的大豆进口量肯定较往年有所放大，预计月进口量至少应该保持在150-170万吨的水平上。只有这样，才能满足中国全年2400万吨压榨需求。
二是大豆价格高起，挤垮了中小榨油厂，豆粕供给大幅减少。进口豆的价格在国内需求的推动下不断抬高，油厂纷纷停产或调减产量。部分大油厂适量生产，原料库存充足。众多中小油厂，特别是北方地区以压榨国产大豆为主的油厂，则因无法获得充足的原料停产观望。而随着天气的转暖，国内养殖业开始进入生产旺季，饲料厂家对原料的采购已开始增加，最终加剧了供求矛盾。
3月下旬现货豆粕又展开了一轮大幅上涨行情。目前，现货豆粕的涨幅已经达到8％-16％。在现货市场大幅上涨的带动下，大连豆粕的期货价格也快速上扬，累计涨幅约为5％。进口大豆的加工亏损最高时接近100元/吨。1-3月份，原料大豆的进口多集中在华东和山东，而作为豆粕主销区的广东进口则较少，造成当地的油厂在今年前三个月大都处于停工停产状态，对周边地区或市场的影响不仅不利空反而利多，目前广东地区豆粕价格高达2300元/吨，广东豆粕产量下调，进一步促使国内豆粕供应下降，支持了内地豆粕价格的上涨。
三是近来饲料价格的提高多为成本推动型的，并非需求拉动式的上涨。商品价格的变化主要受制于供求关系的影响，价格上涨的原因就有两种，一是需求增加，直接拉动价格，另一种就是由于成本的提高，供给方被迫减产或是停产，也会导致价格的上涨。我国2002年以来的饲料市场，受畜产品出口下降及养殖行业亏损面较大的影响，豆粕的需求增幅不如往年，其价格的上涨也主要源于豆粕成本的提高，属于成本推动型上涨。成本推动型上涨的后果必定要以生命力脆弱的中小饲料企业为代价，这从目前饲料业全行业亏损中已经得到证实。
饲料行业的利润主要取决于原料成本的大小，二者是此消彼涨的关系。如果按照全年2400万吨压榨量计算，由于《转基因条例》导致的豆粕价格上涨将使整个饲料业多支付近15个亿的成本。
这个代价实在是巨大的，不仅仅是体现在数字上，更重要的是它挫伤了整个饲料行业。入世后，中美之间这场"大豆战"，让中国三十万豆农的脸上露出了笑容，而全国1400多家的饲料企业却显得"太委屈"。
