引起家禽生产波动
由于可能的疫情扩散，消费者会调整膳食结构，减少与猪肉相关食物的消费，而供大于求将导致猪产品均衡价格下降。受小农经济影响，中国生猪大都以家庭散养的方式进行饲养，单个农户养殖条件差，抗风险能力弱。如果出现外来的大流感冲击，而政府没有统一组织防病、抗病，甲型H1N1流感可能直接影响猪肉生产。如果监察到甲型H1N1流感发病区，政府将可能参照“禽流感”做法，封锁疫区，大规模捕杀疫区生猪，焚烧猪肉产品，封闭猪产品交易市场，这些都将带来生产波动和经济损失。
对相关产业造成负面影响
对甲型H1N1流感而言，首先会对与猪肉制品相关的肉产品生产以及餐饮业带来一定的负面影响。另外，对猪饲料行业也有负面影响。由于养猪数量减少，养殖户和养殖企业会相应减少饲料购买量，饲料供应链上本已过剩的饲料将会囤积。饲料大都有一定的储存周期，超过一定的储备时间，这些饲料将变成废料。这样，饲料生产、销售、物流企业会蒙受经济损失。再者，一旦中国有疫情报道，无论是外国游客，还是中国游客都会减少中国的旅游计划和出行。此外，航空业等物流产业也将受到不同程度的打击。
加重财政负担
以养猪业为例，为促进养猪业健康发展，稳定猪肉价格，财政部于2007年印发《能繁母猪补贴资金管理暂行办法》和《生猪良种补贴资金管理暂行办法》，由中央和地方财政共同设立专项补贴资金，共同支持生猪产业发展。由于政策惯性，与猪生产直接相关的财政补贴政策还将延续。从公共卫生的公共产品属性看，公共财政在公共卫生的服务方面责无旁贷。因此，在甲型H1N1流感出现新疫情时，中国政府将加大疫情监察、检查和治理的财政支出。
