欧盟2003年针对生物燃料发展做出了一个大决定，同意成员国政府逐渐采用税收优惠及相关政策鼓励生物燃料生产和使用。这个决定看起来很有意义。大多数欧洲人驾驶柴油汽车，使得乙醇不切实际。生物柴油可以与普通柴油掺混使用，而且掺混时，不需要对发动机进行任何的改动。
参照美国乙醇发展经验，欧洲公司掀起了生物燃料项目投建热潮，生产原料从油菜籽作物到使用麦当劳烹调油不等。成本低廉，再加上诱人的税收优惠政策，这意味生物燃料生产利润高企。截止到去年，欧盟生物燃料年产能从2003年的200万吨增至1000万吨。
不过跟美国乙醇供应相比，目前欧洲生物柴油出现供应过剩。去年全球生物柴油用量只有900万吨。欧洲生产商发现买家的需求只有500万吨。这个行业陷入困境，成本大幅提高，税收优惠取消，生物柴油进口成本下降，公众支持减弱，这都让生物柴油行业感受到了压力。
自1月份开始，作为生物柴油的主要原因，农作物价格涨了一倍，推动生物柴油生产成本提高50%，达到了约每吨1440美元，相当于每加仑4.80美元。以原油生产的普通柴油价格也大幅上涨，但只有每吨840美元，相当于每加仑2.80美元。对于石油公司来说，生物柴油价格越来越高于化石燃料，这让他们退缩。
科学家们表示，至少在2010年之前，生产成本方面的研究不可能取得任何大的突破。
总部设在巴黎的国际能源机构已经要求欧盟政府进一步减少对生物燃料发展的支持，因为成本过高。
欧盟贸易谈判官Peter Mandelson表示，问题不是使用生物柴油，而是在成本高的欧洲生产生物柴油。欧洲应当向全球开放，进口大部分所需的生物燃料原料。
美国乙醇生产商面临一些类似的问题。受每年高达70亿美元补贴以及对海外进口征收税金的支持，美国农户今年将玉米播种面积提高了四分之一，大多用来生产乙醇。但是乙醇供应已经超过了需求，主要原因是乙醇运输难度大，成本高。乙醇运输需要特殊的管道。一些美国乙醇生产商已经停产，目前社会已经就乙醇生产带来的好处是否值得对农业耕地造成压力展开了争论。
