全国人大常委会委员万宝瑞对此提出不同看法。他分析认为，全球玉米贸易量为900亿公斤左右，其中美国占50 ％。目前美国用玉米转化燃料乙醇已超过出口量，未来几年美国玉米出口量将大幅减少。正如美国地球政策研究所布朗教授所讲：“全球8亿部汽车发动机正与世界近20亿贫困人口争粮食。”随着国际粮源减少和生物质能源的迅速发展，我国依靠进口保持粮食供求平衡的风险进一步增加，“南进”的策略将会落空。
万宝瑞说，与玉米一样，东北粳稻南运也难以替代。目前国际市场大米的贸易量每年在275亿公斤左右，只相当于我国大米产量的15％左右。在大米的国际贸易量中，粳稻所占比例不到10 。这几年东北每年调出的水稻在150亿公斤以上，南方要通过国际市场替代东北调入的稻米，不仅总量难以满足，而且品种结构也难以基于此，万宝瑞认为，从国家整体利益和“三农”利益考虑，从国际粮食贸易发展趋势考虑，实现我国粮食供求平衡始终要立足国内资源，国际市场只能作为我国年际间和品种间粮食贸易的调剂。
有关专家提出，“十一五”期间，我国粮食流通将出现一些新变化，鉴于“北粮南运”的战略意义及玉米深加工行业及玉米进口的发展趋势，短期内“北粮南运”的战略地位很难撼动，总体上“北粮南运”格局将会延续。不过，北方粮食主产区流出的原粮将有所减少，取而代之是成品粮和粮食深加工产品的增加。适度支持这一变化趋势，将有利于调动北方种粮农民的生产积极性。
如果继续维持“北粮南运”格局，粮食物流体系的低效率和高成本，则成为一道必须解决的难题。
吉林省粮食研究所副所长刘笑然等专家表示，粮食物流紧密连接着“北粮南运”的 产区和销区，应重点立足于现有资源的优化与整合，提高粮食流通能力。当务之急还要开发水运潜能，调整政策使之较铁路运输费用具备一定的竞争能力，引导粮食运输企业通过“铁海联运”方式，打通东北地区一辽宁港口一东南沿海省市的“北粮南运”快速通道 。
