为扶持燃料乙醇生产，政府曾相继出台了多项优惠政策，包括免征5%的消费税，增值税实行先征后返，享受陈化粮的政策补贴等。此外，还为四家定点乙醇生产企业提供专项补贴。不过，从2006年开始，四家生产企业的补贴统一为1373元/吨，而到2008年底，补贴将全部取消，这就意味着燃料乙醇的生产将完全推向市场，竞争将进一步加剧，对原料的选择也将成为企业竞争的重中之重。
日前，由大连商品交易所组织的华北黄淮玉米产区市场调研小组深入企业，了解到丰富的第一手材料。
在四家企业中，河南天冠集团是唯一一家以小麦原料为主生产燃料乙醇的企业。该供应处有关负责人介绍说，天冠采用小麦制粉，分离麸皮、谷朊粉工艺与1/3杂粮（玉米、薯类）相结合的工艺路线生产变性燃料乙醇。燃料乙醇的生产过程中，几乎每一道工艺都会生产出拥有一定附加值的下游产品，如小麦分离出的麸皮、谷朊粉；酒精糟液经离心分离固形物，制成全价干燥蛋白饲料等。生产过程中所产生的副产品麸皮、谷朊粉、二氧化碳、DDGS等均是价值可观的下游产品，同时还可利用废弃物生产沼气供10万多户居民使用。该公司提供的统计资料显示，生产30万吨燃料乙醇，同时可生产副产品小麦谷朊粉4.5万吨、高纯度低压液体二氧化碳2万吨、小麦麸皮20.3万吨、小麦胚芽2032吨、DDS蛋白饲料12万吨。其中，谷朊粉出口价格达8000元/吨，一直处于供不应求状态，可以说丰富的下游产品已经成为企业效益的重要支撑。
不过，尽管河南有着丰富的小麦资源，小麦下游产品及综合性价比也很可观，但河南天冠仍尝试使用其他原料，如今年开始新上的玉米燃料乙醇项目。据了解，目前国家拨给河南天冠的陈粮价格为0.57元/斤，而新麦的收购价格为0.72元/斤。如果没有国家扶持，继续使用小麦将不再拥有价格优势，而且用粮食生产能源毕竟不是长久发展之计。
另外，酒精企业面临的最大问题是环保。与玉米相比，小麦部分工艺环保超标，因此，对于下一步的发展目标，河南天冠比较青睐于污染较小的玉米燃料乙醇。“我们计划在明年新上50万吨玉米油项目。”天冠有关负责人表示，玉米油是燃料乙醇的下游产品，按照50万吨玉米油项目来看，天冠至少要上近20万吨玉米燃料乙醇。
2006年，河南天冠实际产能已经达到60万吨，其中包括20万吨玉米燃料乙醇。除了国家调配的100万吨陈化粮（或陈粮）以外，生产所需的原料将全部面向市场采购。按乙醇生产工艺粗略计算，河南天冠至少需要60万吨玉米原料。由于利用玉米作为原料，生产废弃物较少，更符合环保要求，在市场价格相当的情况下，玉米成为首选原料，年实际利用玉米量处于增长趋势。
但是，粮食安全是加工企业面临的另一个瓶颈问题。在日前于上海召开的研讨会上，国家发改委已明确表示，将不再利用粮食作为生物质能源的生产原料，取代粮食的将是经济作物。可以预计，燃料乙醇所用原料玉米等粮食类的影响将是先大后小，近几年将加大玉米等的使用量，随着生产技术逐步成熟，技术成本将进一步降低，几年后将会转向玉米秸秆、麦秸等纤维类，玉米等粮食类将从生物乙醇的原料中解放出来。
