新办法明确指出，按规定应获得粮食行政管理部门许可而未获得许可，或者未在工商行政管理部门登记擅自从事粮食收购活动的，由工商行政管理部门没收非法收购的粮食；情节严重的，并处非法收购粮食价值1倍以上5倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
对粮食流通中的价格违法行为，将由价格主管部门依照有关法律、行政法规的规定给予处罚。粮食收购者未执行国家粮食质量标准的，由粮食行政管理部门责令改正，予以警告；警告后仍不改正，并造成农民或其他粮食生产者的利益受到损害的，可以处10万元以下的罚款；违规数量较大的，可处10万元以上20万元以下罚款。情节严重的，由粮食行政管理部门取消粮食收购资格。
新办法将严格保护农民的利益，粮食收购者未及时向售粮者支付售粮款，经售粮者举报并查实的，由粮食行政管理部门责令改正，予以警告；欠付1个月以上2个月以下的，可以并处5万元以下的罚款；欠付2个月以上3个月以下的，可以并处5万元以上10万元以下的罚款；欠付3个月以上的，可以并处10万元以上20万元以下的罚款。情节严重的，并暂停或取消粮食收购资格。
粮食收购者违反规定代扣、代缴税、费和其他款项的，由粮食行政管理部门责令改正，予以警告，可以并处20万元以下的罚款。情节严重的，并由粮食行政管理部门暂停或取消粮食收购资格。
对非法倒卖经营陈化粮的行为，新办法也将施以重典，明确规定，对超过正常储存年限的陈粮，出库前未按规定经有资质的粮食质量检验机构进行质量鉴定的，由粮食行政管理部门责令改正，给予警告；经警告仍不改正的，处出库粮食价值1倍以上2倍以下的罚款；发现出库未经检验的粮食中有陈化粮的，处出库粮食价值2倍以上3倍以下的罚款；明知是陈化粮仍未按陈化粮销售处理有关规定出库的，处出库粮食价值3倍以上5倍以下的罚款。对粮食经营者罚款的同时，工商行政管理部门可以吊销营业执照。
倒卖陈化粮或者不依照规定使用陈化粮的，由工商行政管理部门没收非法倒卖的粮食，并处非法倒卖粮食价值20%以下的罚款，有陈化粮购买资格的，由省级人民政府粮食行政管理部门取消陈化粮购买资格；情节严重的，由工商行政管理部门并处非法倒卖粮食价值1倍以上5倍以下的罚款，吊销营业执照；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
新办法还明确规定，工商行政管理部门可对粮食经营活动中的无照经营、超范围经营以及粮食销售活动中的囤积居奇、欺行霸市、强买强卖、掺杂使假、以次充好等扰乱市场秩序和违法违规交易行为依法进行查处。
