乙醇汽油在市场上之所以难以推行的深层原因是高成本。国家指定车用乙醇汽油中石油和中石化两大公司负责供应。据了解，生产1吨乙醇的成本是4800元，但是按国家规定只能以每吨3000多元的价格卖给中石化，也就是说，每卖1吨乙醇要亏损1000多元。目前这部分损失由国家给予补贴，即使这样，对中石油和中石化而言，销售乙醇汽油的利润仍然少于普通汽油。
分析认为，从目前我国乙醇汽油采取封闭试点的做法可以看出，目前推广车用乙醇汽油采取的是行政手段而不是市场调节。由于缺乏相应的市场手段和财税政策的支持，大范围推广乙醇汽油必将导致政策与市场的一场艰难博弈。车用乙醇汽油的顺利推广，必须要有相应的财政、税收、补贴等配套政策，也需要生产企业大幅度降低成本。据悉，目前国内变性燃料乙醇产能已经达到了36万吨，每年可以调配300多万吨的车用乙醇汽油。在建的产能还有120多万吨，如果全部投产的话，意味着需要全国十几个省市同时使用车用乙醇汽油。但是分析员认为在车用乙醇汽油使用范围没有扩展到足够大的情况下，各省市不能急于上马燃料乙醇生产项目，因为这些产能有可能闲置，同时也可能给国家带来巨额的财政补贴压力。政策与市场博弈的结果将在很大程度上决定乙醇汽油推广的前途。
