据商务部和北京WTO事务中心的分析，后过渡期我国将面临的主要挑战集中在以下五个方面：
农产品进口的压力增大
我国农产品市场将进一步开放，关税水平继续降低。2005年，我国农产品关税水平将降至15.35%，而世界农产品关税平均水平为62%，我国将成为世界上关税最低的国家之一，2008年还将进一步降至15%；农产品关税配额数量将逐年增加，2006年将取消植物油关税配额管理。专家认为，我国农业总体上经营规模小、大宗农产品的竞争力不强，而发达国家对农业提供大量补贴，仅OECD国家一天的农业补贴就达到10亿美元。虽然在刚刚结束的世贸组织新一轮谈判签订的框架协议里，美、欧等有所让步，承诺其农产品出口补贴最终将要取消，但无疑后过渡期我国部分农产品将面临国外优质低价产品的沉重压力，并且这种格局将持续相当长一个时期。
部分制造业面临严峻挑战
我国冶金、石化和机械行业与世界先进水平仍有一定差距，生产集中度不高，劳动生产率低，产品结构不合理，仍是制约这些行业发展的主要因素。面对市场开放和国外高档产品进口的竞争，若调整缓慢，调控不力，将受到一定冲击。汽车工业虽然取得了长足进步，但还存在一些突出的矛盾，主要是相当一部分汽车整车厂生产规模不经济，技术开发能力弱。纺织服装业方面，虽然即将进入“后配额时代”，但仍受贸易保护主义的威胁，美国等仍可动用贸易保护机制限制我出口。
服务行业竞争日趋激烈
我国的银行、证券、保险等行业，在经营机制、管理水平和人员素质等方面，与发达国家存在较大差距，竞争力明显低于国外同行。目埃?庾室?卸灾凶室?谐寤鞅冉厦飨缘闹饕?枪?式崴阋滴瘢??诩尤隬TO五年后，即2006年12月11日起，我国将对外国银行实行国民待遇，允许外国银行对中国民众开展人民币业务，竞争将更为激烈。国有银行由于资本金充足率普遍不足，不良贷款比重偏高，国际金融市场的融资能力较差等因素，将处于不利的竞争地位。我国证券公司普遍存在规模较小、资产质量不高、资本充足率较低、经营模式雷同、品种单一等问题，加之外资金融控股集团可以混业经营，实力强，我国证券业将处于明显的竞争劣势。我国保险业也将面临国外保险公司争夺客户、争夺优秀人才的更为激烈的竞争。我国主要电信企业业务经营范围单一，综合竞争力较弱。商业领域中外合资零售企业的外方投资者实力强大，在资金、管理技术、采购和配送等方面都具有明显优势，目前其正向中西部拓展，抢占市场份额。
新一轮WTO谈判市场开放的压力
在WTO多哈发展议程谈判中，一方面我国向其他成员提出了市场开放的要求，另一方面自身也面临着进一步开放市场的压力。由于加入WTO时我们已做出广泛的承诺，现在正努力消化履行承诺、开放市场带来的影响，进行国内产业调整。如果在新一轮谈判中再作减让，将带来新的压力。但由于多哈发展议程谈判是一个多边谈判，作为一个参加方完全不作进一步减让的可能性不大。因此，我国必须强调谈判各方必须充分考虑新成员在市场准入方面已做出的贡献，争取在减让幅度和时间安排上给予特殊安排。
贸易保护主义的威胁日益严重
后过渡期内，一些发达国家将会更频繁地利用反倾销措施、特殊保障措施和纺织品的限制性措施等作为实施贸易保护主义的手段，对我国产品进入国际市场造成威胁。近三年来，各国对我国产品发起反倾销和保障措施调查达到近120起。此外，美国、印度、土耳其等分别对我国的椅座升降装置、钢丝衣架、刹车盘和刹车鼓、球墨铸铁管件、缝纫机针、玻璃镜片、水龙头、自行车、床用内置弹簧等产品启动了“特殊保障条款”的调查，秘鲁也对我国的纺织品实施了临时性的“特殊保障措施”，其他成员也伺机而动。截止目前，经过我国政府、行业协会和企业的多方交涉，上述成员最终没有采取“特殊保障措施”，但防止有关部门条款被滥用的任务十分艰巨。
