“生猪基因组分子育种技术体系的创新及应用”项目喜获2021年度北京市科学技术进步二等奖，该项目由中国农业大学等7个单位共同完成并申报，北京中育种猪有限责任公司为第二完成单位。
该项目创新性研发了一系列适合我国生猪种业发展需求的基因组分子育种技术，包括多个基因组育种新算法，同步自主开发了多款高效育种计算软件，填补我国在该领域的理论和技术空缺，为我国猪的GWAS和基因组选择育种研究和应用提供了重要的理论支撑和计算平台。率先构建了适合我国国情的猪基因组分子育种技术体系，并成功实现产业化应用。构建了国内首个大规模猪基因组选择参考群5万余头。实现了3个主要应用育种群的多个世代的高效选育，不同性状的年遗传进展增加了40%-80%，显著提升了育种群的性能水平。成果原创性强、技术先进、体系成熟，包含基因组选择技术新方法、专门化基因组芯片、高性能基因组育种计算软件等，获得多项自主知识产权。该项目提出了适合我国生猪育种国情的基因组选择方案，成果已实现较大规模的产业化应用，取得显著的经济和社会效益。项目解决了我国生猪基因组选择分子育种面临的多个技术难题，多项技术达到国际同类方法同等或更高的水平，填补我国在该领域的理论和技术空缺，对我国种猪自主创新育种具有重要意义，为实现我国生猪种业的自立自强奠定了坚实基础。
北京中育种猪有限责任公司隶属于北京首农食品集团有限公司，是集科研、育种、生产、销售和培训服务为一体的专业化种猪育种公司，被农业部授予国家重点种畜企业，是国家生猪核心育种场、国家生猪产业创新体系—北京综合试验站、猪全基因组选择平台项目首批成员单位、国家优质瘦肉型猪联合攻关项目承担单位，是国家高新技术企业。