防止饲料质量恶化的最佳措施是在饲料中迅速加入优质原材料，并在生产后迅速消耗。当预计成品在工厂或农场长期储存时，通常会使用饲料防腐剂保证质量。将饲料暴露在高温或辐射下进行饲料消毒通常能够用于减少微生物负荷并延长原料和成品的保质期。
原材料储存
原材料和成品的正确储存会在很多方面影响其营养价值。
1.即使在理想条件下，长期储存也会导致大多数原材料中天然存在的细菌、昆虫和霉菌缓慢但持续增殖。在最好的情况下，这些污染生物会消耗营养。然而，在大多数情况下，它们也会产生毒素（例如，霉菌毒素），严重损害动物的性能，当浓度较高时，甚至会损害动物的健康。
2.在湿热条件下，不仅此类害虫生长加快，而且迅速形成美拉德反应产物（褐变反应），进一步降低营养价值。
3.令人反感的味道可能主要但并非完全由于不可避免的脂质酸败（饲料陈旧）而产生。
4.几种维生素，特别是在一年中温暖的月份，如果可能的话，建议在生产后两个月内使用全价日粮和预混料。
大多数原材料的保质期从几个月到一年不等。未受污染的生谷物和富含蛋白质的成分在适当条件下能够储存更长时间，同时营养价值损失最小。但全价饮食和预混料的保质期通常约为三个月或更短，具体取决于成分和储存条件。特别是在一年中温暖的月份，如果可能的话，建议在生产后两个月内使用全价日粮和预混料。
在一些运营过程中，储存袋装幼小动物饲料是常见的做法。这种做法使通常富含还原糖和氨基酸的饮食暴露在高湿度和高热量下，这在幼年动物的商业设施中很常见，会对饲料质量产生严重影响。例如，当这种敏感且昂贵的饲料在28℃和90%相对湿度下储存7天时，赖氨酸的生物利用度下降10%，表明此类日粮和营养素具有脆弱性。
换句话说，当饲料保持在与动物所经历的相同条件下时，仅一周就浪费10%赖氨酸。当饲料长期储存在温暖、特别潮湿的仓库中时，应该会得到类似的结果。在干燥和凉爽的条件下储存贵重产品的旧建议仍然有效。
保存
消除动物饲料中的沙门氏菌仍然是一个紧要的问题，特别是在不使用促进生长水平的抗菌剂的生产系统中。这对于保障动物健康和人类食品安全非常重要。为此，成品饲料的蒸汽加热得以成功应用。据报道，通过在加热搅拌机中将膳食饮食蒸汽加热至85℃、4分钟，可以消除沙门氏菌。当然，如此高的温度和如此长的暴露时间会对氨基酸和维生素等敏感营养物质造成严重破坏。
85℃造粒还可减少甚至消除成品中的沙门氏菌；同样，过热会降低营养价值，因此，饲料卫生和营养平衡是优选的，但并不总是可能的。为此，可以在热处理后添加天然不含沙门氏菌的热敏材料（维生素、酶等），而应权衡额外的处理成本和效益。有机酸还可作为热处理的替代或补充，有效地抑制饲料中沙门氏菌的增殖。
为防止成品中的脂质氧化，通常添加抗氧化剂。最常见的抗氧化剂包括丁基羟基苯甲醚 (BHA)、丁基羟基甲苯 (BHT) 和乙氧基喹啉。维生素E和C也是有机抗氧化剂的例子，如果敏感饲料中不包含化学抗氧化剂，它们会迅速消耗/浪费。
添加粘土和其它霉菌毒素吸附剂并不能阻止霉菌生长，而是减少动物摄入毒素的影响。
为防止霉菌生长和霉菌毒素的产生，成品中经常添加丙酸和其它有机酸。由于液体丙酸具有高度腐蚀性，从制造角度来看，优选载体上的粉末状丙酸或缓冲丙酸产品。通常，在大多数情况下，0.1%的丙酸足以防止霉菌生长，但在非常潮湿的气候下，最多0.5%的丙酸是必需的。由于丙酸是一种有机酸，它也可以在肠道水平上充当抗菌剂，但这种作用通常在相当高的浓度下观察到。当然，通常使用其它有机酸（例如，山梨酸或苯甲酸）来代替丙酸或与丙酸结合使用。添加粘土和其它霉菌毒素粘合剂并不能抑制霉菌生长。
保障饲料质量
饲料质量从饲料设计/配方阶段开始能够得以保障，一直持续到生产和储存阶段，直到动物最终消耗（或不消耗）成品。添加多种添加剂和处理饲料可以延长饲料质量，这些措施应被视为对饲料和农场良好卫生条件的补充。