水灾过后的一段时期，是各种动物疾病的高发期，灾区群众要做好充分的思想准备，要高度重视动物防疫工作，落实各项防疫措施，确保水灾之后无大疫。搞好灾区动物疫病防治工作，应从六个方面着手。
及时做好消毒灭源和溺死动物的无害化处理
由于水灾期间，粪池漫溢，溺死畜禽和各种污物随水流动，水源等环境受到严重污染。同时，土壤中的病菌被洪水冲出来，造成场地大面积污染，也会引发疾病。为消灭环境中的病原体，切断传播途径，必须对圈舍、围栏、饲喂用具等进行一次彻底大清扫，防止动物尸体、污物遗留在场内，并全面进行严格消毒。消毒重点包括畜禽舍及周围环境、饮水源、用具、畜禽运输车辆、屠宰场(点)、市场等。除了清扫、冲刷、洗擦、日晒、焚烧、堆积发酵等物理消毒和生物学消毒方法以外，化学消毒应用最广泛，常用10%~20%的石灰水、草木灰水、2%的烧碱溶液、2%~5%的过氧乙酸溶液等消毒药物进行消毒。同时，做好洪涝区域的灭鼠工作，防止鼠类传播流行性出血热、钩端螺旋体病等疫病的发生和流行。
水灾时，不少畜禽被水冲散、死亡，加之自然界中存在大量致病微生物，如不及时进行无害化处理，尸体会很快腐烂发臭，病菌会随流水到处扩散，不仅污染环境，还容易引起动物疫病流行。对水灾溺死的畜禽尸体，不要食用，更不要随意乱丢，应进行深埋或焚烧处理。
搞好动物疫病预防性免疫
要预防动物传染病的发生，除了科学的饲养管理以外，其重要手段就是进行疫苗接种。根据免疫接种进行的时机不同，可分预防接种和紧急接种两类。通过动物预防性免疫接种能有效地防止动物疫病的发生和流行。免疫接种是激发动物机体产生特异性抵抗力，使易感动物转化为不易感动物的一种手段。灾后，应根据当地动物疫病的流行情况，有组织有计划地对重点疫病进行免疫接种，提高动物群体免疫密度，防止疫情暴发。灾后，每个地区、养殖场易发传染病可能有差异，因而免疫程序不尽相同。养殖场往往需用多种疫(菌)苗来预防不同的病，也需要根据各种疫(菌)苗的免疫特性来合理地制定预防接种的次数和间隔时间，最有效的方法是在免疫抗体水平测定的基础上实施适时免疫。体质健壮或饲养管理条件较好的畜禽，接种后能产生较强的抵抗力。进行免疫时，疫苗的使用剂量应遵照疫苗使用说明书进行免疫接种，剂量少了达不到免疫效果，多了易引起不良反应。
做好灾后畜禽常见疾病的诊疗
水灾之后，森林、土壤、沼泽里的细菌、病毒、真菌以及寄生虫等各种病原体被洪水冲刷出来，加之吸血昆虫活动和闷热潮湿气候，极易造成动物疾病的发生和流行。水灾过后，动物易发生中毒病、胃肠道疾病、多种动物传染病和寄生虫病。其中最应引起重视的传染病和寄生虫病是牛羊炭疽病、耕牛血吸虫病、钩端螺旋体病、猪丹毒、猪肺疫、链球菌病、鸡法氏囊病、球虫病等。例如:炭疽病是一种人畜共患的烈性传染病，由炭疽杆菌引起。炭疽杆菌容易形成芽孢，抵抗力非常强，能存活很多年，水灾时其芽孢可能随洪水冲出，到处漂移，污染环境，家畜吃了受病菌污染的饲草或水，就会发病，因此灾后猪、牛、羊实行圈养显得尤为重要，若发现家畜突然发病、死亡，口、鼻流血，要及时报告兽医部门诊断以便合理处置，切不可随意解剖或抛弃尸体，更禁止食用。
灾后，由于一些民垸溃漫造成洪水四溢，钉螺滋生面积随洪水迅速扩散。在钉螺体内发育、繁殖的尾蚴离开钉螺后在水面下活动，遇到人或哺乳动物的皮肤便钻入其体内，进入血液，致其感染血吸虫病。吡喹酮是治疗或预防血吸虫病的特效药。
做好动物疫病的监测，发现疫情及时报告
加强疫情监测和疫情报告的目的，在于及时准确地掌握疫情动态，以便迅速采取防范和扑灭措施，防止疫情扩散。灾后，对与水灾关系密切的炭疽、丹毒、巴氏杆菌病、血吸虫病等烈性传染病、人畜共患病和寄生虫病等进行重点监测十分重要。养殖户应积极配合当地动物防疫监督机构做好动物疫病监测工作，以便及时、准确地了解当地疫病情况，防止疫情扩散或引起人畜疫病流行。从事动物饲养、经营的单位和个人发现疫情后应立即报告当地动物防疫监督机构，以便兽医部门及时诊断，并采取有效措施防止疫病扩散。当家畜突然死亡或怀疑发生传染病时，应立即通知当地兽医人员，同时对疑似传染病病畜进行隔离，派专人管理，病畜尸体应保留完整，未经兽医检查同意，不得随便急宰，病畜的皮、肉、内脏未经兽医检验，不得食用。
做好畜禽及其产品的检疫，确保肉食品安全
畜禽及其产品检疫监督工作的重点是把好“四道关”，即产地检疫关、交通运输监督检查关、屠宰检疫关和市场监督检查关，严格做好检疫及市场监督工作，防止疫病传播，确保肉品的安全。灾后，由于畜禽补栏、市场交易频繁，因而检疫工作尤为重要。饲养、经营户应主动配合动物防疫监督机构做好畜禽及其产品的检疫，确保肉食品安全。
加强饲养管理，提高畜禽抗病能力
灾后，应认真做好圈舍和饮水饲料管理。及时修复圈舍，注意圈舍通风换气，控制好舍内温度、湿度，清刷食槽、饮水器，经常清除舍内粪便、垫料。猪、牛、羊实行圈养，避免家畜因吃被病原污染的饲草或水而染疫。灾后一段时期，畜禽饲养重点应放在饮水、饲料的清洁上，多饲喂一些优质饲草饲料，不喂霉变饲草饲料，保证清洁干净的食物供给，增强畜禽抗病能力。
