粪便气体当中包括四种主要气体(以及一些次要的气体)。包括硫化氢、二氧化碳、甲烷和氨气。尽管氨气刺激性很强，但它在畜舍里不会积累到足以致命的浓度。所有这些气体都是有机质厌氧降解的副产物。它们的产量主要受温度、pH值和时间影响。
对于存储时间超过一周的液体粪便，一定要假定它的毒气量足以致命。有些产品号称能够降低粪便气体水平，但没有一种经科学方法证明能够完全消除粪便气体相关的风险。
造成死亡的主要罪魁是硫化氢。它的比重是空气的1.2倍，浓度超过5ppb时可以闻出，气味象臭鸡蛋，但浓度超过500ppm的时候，它又会变为无臭，从而让人错误地认为它不存在。日常平均暴露水平是10ppm(8小时)。它在液体粪便里可溶，当液体粪便被搅动的时候，它会瞬间大量释放出来。搅拌情况下，例如当粪水流打破粪浆表面时，可检测到1,600至1,700ppm的浓度。如果你听到哗的一声，那就是气体被释放出来。
二氧化碳毒性较弱，但仍然可以致命。浓度超过70,000ppm的情况下几分钟之内可致人失去知觉，之后死亡。该气体比空气重(是空气的1.5倍)，完全无臭。日常安全暴露浓度低于5,000ppm。这种气体可溶解在水里，搅拌情况下可瞬间释放。笔者曾测量到175,000ppm的浓度。还是那样，如过你听到哗的一声，那么这种气体就别释放出来了。
甲烷是液体粪便系统当中第三种需要注意的气体。它造成窒息的浓度高达50%，而达到这个浓度是相当罕见的。它的主要危险是由于它的易燃易爆性。当它的容积占到空气的5.3%至15%的时候，就能够造成爆炸。高于这个浓度范围的时候，它不会爆炸，而是会燃烧，烧着附近所有的可燃物。它的比重是空气的0.555倍，因此它很容易在储粪设施上方的屋顶处积累。它的产量随温度增加而增加，但不论温度高低，甚至在寒冷的条件下也能产生，只不过速度较慢。它微溶于粪浆，因此搅动不会造成这种气体的大量释放。
硫化氢和二氧化碳中毒的危险主要出现在搅动粪坑、抽提粪浆或打开塞子清空粪坑的情况。甲烷的危险主要出现在双粪坑的猪舍(典型情况下有一个四英尺深的坑，该坑粪便紧接着排入下面一个八英尺深的坑)，当猪舍关闭一段时间，以及粪便形成泡沫的情况下容易出现问题。
每次转移、处理或搅动粪便的时候，都存在气体中毒的风险。硫化氢和二氧化碳是可溶气体，过度搅动时会突然释放;与这些气体相关的许多事故都是因为通风系统把这些气体抽入了畜舍空间，因为这些气体的比重和空气差不多。
转移或搅动粪浆的时候，一定要注意风扇通风的方向。在凉爽或寒冷天气下，进气口的数目减少，因此舍内静压增加。这造成风扇运转负荷增大，而进气口附近空气流速高，促进吸入的空气更好的与舍内空气混合，让猪感觉更舒适。这时如果粪坑盖被打开，或粪坑塞子没有及时闭合，那么这些气体就会被抽入舍内空间。
猪因为呼吸的位置距离漏缝很近，因此中毒风险通常比人更高。在转移或搅动粪便的时候，如果发现猪有任何异常举动，应立即停止作业，撤出猪舍。对于自然通风的猪舍，要确保有足够的通风，要降下所有的帘子。要有准备，空气流速一降，或猪一表现出不安行为，就马上停止作业。
双粪坑猪舍的困难在于，底部的粪坑通常没有通风。从而底坑会成为一个粗放的厌氧消化罐，甲烷会在空间里积累。如果粪坑塞子被拔掉，这些几乎是纯甲烷的气体就会升入猪舍空间。如果通风系统关闭了，它会迅速在舍内积累达到可爆、可燃的浓度。箱式加热器上的指示灯或电机的火花或电灯开关都会造成爆炸和/或火灾。
解决方案是给底坑安装烟囱和进风口，以便对底坑顶部进行通风。一定要确保每次排空之后要立即把塞子重新闭合。
当需要关闭猪舍时，尤其在冬天，不要完全关掉通风系统来进行保温。粪坑里的甲烷菌活动会减慢，但不会停止，即便气温寒冷也不例外。如果通风系统完全关闭、风扇罩封死，那么舍内的气体就会积累。如果甲烷积累到5%至15%的浓度，遇到火星就会造成爆炸或火灾。
解决方案是，彻底清空粪坑，而且总是要保留一点通风 - 通风量要大于每天一倍猪舍容积。如果进入一个长期关闭的猪舍，要带上LEL(最低爆炸极限)、氧气和硫化氢检测装置，确认空气安全之前，不要打开任何设备。
造成粪便泡沫的确切原因还不清楚，但我们知道，泡沫会捕获甲烷、二氧化碳和硫化氢，而这些气体正常情况下本应由通风系统排出。
泡沫中包含大约60%甲烷;记住空气中甲烷浓度5%至15%会引起爆炸。只要甲烷留在泡沫里，那么就没有问题。问题是，当进行高压冲洗或剧烈搅动的时候，它们会从泡沫中释放出来。
