一、坚持“预防为主，防重于治”的原则
集约化高密度的现代养猪业，生猪疫病是经济效益的头号杀手，规模养猪场疫病发生呈现出条件性疾病增多（料源性、药源性、管理性和遗传性疾病）、新的传染病增多、混合感染及继发感染普遍存在、传染病的发生规律发生改变等特点，使兽医技术人员对猪病的控制“始料不及”。2007年新修订的《中华人民共和国动物防疫法》规定，国家对动物疫病实行预防为主的方针。生物发酵床猪场的疫病预防，涉及到猪场选址布局、设施设备配套、饲养环境调控、生产工艺与饲养管理技术、饲料和营养、药物的使用等多个环节，只有在全面调查研究的基础上，分析疫病发生的各个风险因子，了解阶段性疫情态势，制定出适合本场实际的疫病防控中长期规划和近期具体方案，才能有效落实“预防为主”的方针。
二、健全高效防控机制
利用生物发酵素的生物学特性防控疫病，必须配以严谨、科学、规范的管理制度、操作规范和防控程序。一是制度化防控，通过建立动物防疫责任制和责任追究制、门卫管理、消毒防范、免疫接种、疫情报告、饲养管理、无害化处理等各项规章制度，并在生产实践中逐步完善，形成操作性强、疫病防控效果显著的配套制度，依靠制度保障疫病防控工作的时效性、长效性和强制性；二是规范化防控，即按照动物疫病防控计划和具体方案，参照国家或地方具体疫病的防治技术规范，对重大动物疫病如口蹄疫、高致病性蓝耳病和猪瘟等实行有的放矢地规范化防控，归避重大疫情风险；三是程序化防控，养殖场要结合本场及当地动物疫情实际，制定适合本场的免疫接种程序、消毒灭源程序和寄生虫综合驱治程序，严谨操作，提高成效。
三、强化防控技术集成
发酵床养猪中，人们采取免疫、消毒、营养、饲养、驱虫、隔离、监测、治疗等多项技术来防控动物疫病，为猪病防控发挥了重要作用，并总结出了许多宝贵经验。但是，当前动物疫情形势仍然严峻，旧的疫病死灰复燃，新的疫病不断出现，混合感染、继发感染连续不断，动物疫情日趋复杂。就其原因，并非这些防控技术措施无济于事，而是对这些技术措施的应用不力所致。每项技术在防控疫病中，威力非凡，但各自着力点有所不同。如果片面采取某一项措施，单打独斗，孤军作战，只能收到片面效果，难以显现全面防控的威力。在生产中，许多养殖户一味地追求免疫效果、消毒效果，而忽视了饲养管理、营养调配，使生猪失去了生存的基本条件和生存环境，难以维持自身生理需求，病原趁虚而入，疫情暴发，顺理成章。如果将各项技术进行集成，制定出科学严谨的集成防控方案或程序，充分发挥各项技术的威力，充分显现集成技术的合力，打出一套防控疫病的“组合拳”，全面出击，点面结合，环环相扣，不留死角，使病原微生物无隙可入，或者机体不留栖身之地，或者让其“寄人篱下”，永无“出头之日”。这样，疫情隐患可以消除，安全生产可以保障，预期效益可以实现。兽医工作的保驾护航职能得以充分发挥。
四、注重环境调控
环境是指大气、水源和土壤三要素构成的自然整体。对生猪来讲，它还包括场址、圈舍之间的相互关系以及饲养管理与利用方式等等，可以说，与生猪生产、生存有关的一切外部条件都属于环境的范畴。设施养殖是现代养殖业的重要标志，发酵床养猪是一种新型的设施养殖，人们利用环境调控原理，通过人工布置和优化生猪生存空间，满足生猪生理心理需求，不仅便于饲养管理，提高生产性能，同时也有利于疾病防控。环境是防控疾病的首要因素。猪生长在适宜的环境下，机体抵抗力增强，疾病的发生率自然会减少，而不良的环境可直接导致疫病的发生和传播，也可造成环境应激性疫病的暴发，如蓝耳病、圆环病毒、链球菌病、黄白痢、副猪嗜血杆菌病、寄生虫等疾病的发生都以不良环境为先决条件。生物发酵床养猪技术，是在传统养猪环境调控的基础上，导入了微生态调控环境的新技术，将环境的宏观调控与微观调控有机结合，机体微生态的内环境与外环境有机结合，从而达到防控生猪疫病的目的。因此，注重环境调控，将环境提升为第一要素，对防控生猪疫病具有十分重要的意义。
五、维持体内外微生态平衡
维持体内外微生态平衡是生物发酵床防控疫病的主要原理。因此，在日常饲养管理中，要严格按照生物发酵床养殖技术规范，科学管理和维护好生物发酵床，以保证其功能的正常发挥，同时，适时补充和添加饲料有益菌素，维持体内外微生态平衡，达到预防疾病的目的。
六、建立基础免疫屏障
免疫接种是有效预防疫病的关键技术，更是掌握防疫工作主动权的重要举措，全面开展免疫接种将对预防疫病起到事半功倍的作用。生物发酵床养殖也不例外，要认真开展免疫预防工作，建立坚实的基础免疫屏障。生物发酵床养殖，有益菌通过竞争抑制、占位、夺氧和生物热杀灭作用，有效威胁病原微生物的生存，同时有益菌生物本身与其代谢产物可以激活免疫细胞，产生特异性和非特异性体液免疫和细胞免疫，提高机体的免疫力，可以说，生物发酵床是培植生猪健康的温床。但是生物发酵床并不是万能的，有益菌对致病菌具有杀灭和抑制作用，而对于病毒的竞争和占位抑制作用并不占优势，病毒性疫病尤其是条件性环境应激性疫病（蓝耳病、圆环病病毒病等）威胁较大，因此对病毒病的免疫预防必不可少，并且需要强化免疫。对于细菌性疾病，原则上讲，在有条件的情况下，尽力做到能免尽免，应免尽免，以求特异性抗体，预防疾病，保健增收。
七、全程应用发酵床养殖
在国内，发酵床养猪技术起始于育肥猪，成功后才逐步推广到其它阶段的生产猪，多数则一直停留于育肥猪的发酵床养殖。就整个猪场的疾病防控而言，从母猪和公猪开始，所有阶段的猪都采用生物发酵床养殖技术，更有利于猪场的疾病防控和净化。主要有以下几个方面的原因：一是发酵床养殖可以获得多种特异性和非特异性的免疫抗体。发酵床本身是一个各种微生物的大熔炉，其中有人工添加的发酵床菌剂、有自然界存在的微生物菌株、有垫料本身带来的微生物、有空气中飘落的微生物、有动物带入圈舍的微生物，当然也有有害细菌和病毒等，发酵运作良好的发酵床，有益菌群占绝对的优势，其他有害微生物都处于被有效控制和抑制的状态下，生猪体内外微生态处于平衡状态，是一个相对干净的环境，生猪不会生病。这种环境，也是一种最佳的动物获得后天性免疫功能的途径，不论是有益菌还是有害菌，都可以刺激动物获得多种有效的免疫抗体。母猪可将免疫抗体通过初乳传递给仔猪，让仔猪一上发酵床首先就非常适应发酵床的新环境，避免了环境应激引发疾病。所以，让发酵床上的新生仔猪尽早吃到母体初乳也是非常重要的。二是从种猪就开始使用发酵床，可以使得整个猪场后天获得的免疫抗体保持整齐，即抗体整齐度高。生物发酵床养殖，我们配备了可控的生存圈舍，生猪即有回归自然的舒适感，又有人工设置的生物安全，优化了环境，减少了应激，提高了机体机能。此时接种疫苗，生猪可以在较短的时间内产生较高的免疫抗体，而且整齐度高，免疫效果显著。三是适当接触自然微生物菌群，对于锻炼生猪尤其是种猪的免疫功能是非常必要的。四是全程应用发酵床养殖，有利于净化生猪疫病。在可控的生物发酵床环境下，环境应激性疫病日益减少，整个猪场的生物安全程度越来越高，暴发动物疫情的可能性越来越小。从种猪开始，通过疫病监测，及时发现和淘汰猪群中的体弱多病个体。在净化生猪传染病的同时，还可通过防控技术的集成应用，消毒灭源，清洁水料，杀灭蚊蝇，截断寄生虫病的传播，净化猪场的寄生虫病。
