《意见》指出，动物卫生监督是政府兽医工作的重要组成部分，进一步加强动物卫生监督，是今后兽医工作发展的基本方向和重要任务，是各级畜牧兽医主管部门和动物卫生监督机构切实履行政府社会管理、公共服务职能的重要职责，是加快转变养殖业发展方式，深入推进农业依法行政，促进兽医事业科学发展的迫切要求。目前，一些地方对动物卫生监督在兽医工作中的重要地位和作用认识不清、重视不够，重许可、轻监管，还存在动物卫生监督机构不健全、执法力量不足、执法手段不强、执法力度不够、执法行为不规范等情况，迫切需要认真加以解决。
《意见》明确了动物卫生监督工作目标和职责划分。各地要整合现有兽医行政执法资源，理顺兽医行政执法体制，健全完善动物卫生法规标准，创新动物卫生监督体制机制，强化动物卫生监督执法机构队伍建设，健全完善动物卫生监督执法投入长效机制，全面提升动物卫生监督执法能力和水平，建立健全职责明确、行为规范、执法有力、保障到位的动物卫生监督执法体系，全面履行和落实动物卫生和动物产品安全监管法定职责。各级畜牧兽医主管部门主管本行政区域内的动物卫生监督工作，负责相关规划、政策、标准规范制定并组织实施。动物卫生监督机构依照《动物防疫法》规定和受畜牧兽医主管部门的委托，负责动物、动物产品的检疫及其他有关动物防疫活动的监督管理执法，承担动物产品安全监管相关工作。动物疫病预防控制机构、动物卫生风险评估机构等技术机构要为动物卫生监督执法提供科学有效的技术支持。
《意见》强调要切实加强动物卫生机构和队伍建设。动物卫生监督机构要具备独立法人资格和独立的银行帐号，各地要综合本地养殖业发展和动物卫生监督工作的需要，科学测算和配备动物卫生监督执法人员，抓紧明确现有在编、在岗的动物卫生监督执法人员的官方兽医身份，加强对执业兽医、乡村兽医等兽医专业人才的管理，采取签约、聘用等有效形式，使其协助官方兽医开展动物检疫等执法辅助工作。要创新动物卫生及动物产品安全监管机制，强化全程动物卫生监督执法，健全完善动物卫生风险评估机制，实行区域化动物卫生监管制度，加强动物标识及动物产品可追溯管理。要加强执法能力建设，健全完善动物卫生监督公共财政保障机制，继续加强动物卫生监督基础设施建设，切实提高动物卫生监督执法水平，全面提升动物卫生监督技术支撑能力，建立健全动物卫生监督行政执法责任制，提高动物卫生监督执法、信息化管理和应对突发重大动物卫生和动物产品安全事件的能力。
《意见》要求各级畜牧兽医主管部门要切实加强动物卫生监督工作的组织领导。要把动物卫生监督工作纳入重要议事日程来研究谋划，主要负责同志要亲自过问，分管负责同志要抓好落实，加强对动物卫生监督工作的组织协调、调查研究、督促检查和宣传引导。要主动向当地政府领导汇报解决制约动物卫生监督工作的重大问题，积极协调编制、人事、发展改革、财政等有关部门，将动物卫生监督工作依法纳入当地经济和社会发展的总体规划，落实机构队伍及各项条件保障政策措施。要建立健全考核评价、专项检查和情况通报等制度，确保动物卫生监督各项工作落到实处。
