由于种鸡场对大肠杆菌病的净化不彻底，出壳雏鸡或多或少的存在带菌个体。因此，应在1~5日龄选用敏感药物净化雏鸡群。目前，应用丁胺卡那或盐酸二氟沙星（商品名有大肠杆菌速治等）饮水，获得了理想的效果，对今后大肠杆菌病的控制起到了关键的作用。
二、预防病毒性疫病
试验表明，引起肉鸡呼吸道疾病的病原体可提高对大肠杆菌的敏感性。病毒性疫病，特别是新城疫和传支，如果免疫接种质量不高，可继发或并发大肠杆菌病。做法是：第1次免疫选用新城疫-传支多价二联弱毒苗，在7日龄点眼滴鼻，同时颈背部皮下注射新城疫多价-传支多价-大肠杆菌多价三联油苗。第2次免疫可在21日龄用新城疫、传支多价二联弱毒苗2.5倍量饮水免疫。确保免疫接种质量，是预防病毒性疫病，防止大肠杆菌病发生的关键性一环。
三、加强消毒管理
由于大肠杆菌广泛存在于养鸡环境中，加强消毒可以消灭环境中的大肠杆菌，能有效降低大肠杆菌病的发生。为此，应采取以下措施：
1、加强综合性消毒
⑴实行全进全出制度。
⑵对出栏后的鸡舍、用具采取彻底清扫、高压冲洗后，再用3%的火碱液高压喷洒消毒。
⑶空舍2周以上，进雏前4~5天再用甲醛熏蒸彻底消毒。
⑷舍外环境定期消毒。
⑸鸡舍入口处设消毒池，消毒液定期更换。
2、坚持带鸡消毒
带鸡消毒能有效杀死空气中的浮游细菌和病毒，减少尘埃，净化空气，降低呼吸道疾病、大肠杆菌病的发生。常用药物有百毒杀（0.005~0.01%）、农乐（0.35~1%）、过氧乙酸（0.2 %）、优氯精（0.5~1%）等，用量一般用稀释液的0.2~0.3千克/米2。采取二种以上消毒药交替使用，每周1~2次。如发生疾病或舍内湿度低、灰尘较多时，可适当增加喷雾次数，每周3~4次。注意在免疫前后3天不应带鸡消毒。
四、改善饲养环境条件，最大限度的降低舍内氨味
肉鸡养殖突出的问题是温度与通风、除湿的矛盾不好解决，导致小气候环境恶化，特别是舍内氨气，是诱发大肠杆菌病的祸根。对此，具体做法是：
1、在加强保温的同时，加强通风。充分利用鸡舍的长轴通风、对流通风，有条件的进行机械通风。
2、加强垫料管理，防止饮水器漏溢水，及时更换或添入新垫料，最好每隔3~5天更换1次干燥卫生垫料。进雏前垫料先用2%的绿源生或EM原露喷洒处理，以后每周1次用0.2%的EM液喷洒或用EM粉剂50克/米2撒播1遍。
3、在饲养前期（净化鸡群后），用1%绿源生饮水，0.2%的加酶益生素拌料，能有效地降低肉鸡粪便中氮、磷的排出量，抑制发酵，减少氨等有害气体的产生，降低氨味。
4、在饲养中期，在饮水中添加0.2%的食醋，每周1~2次，能在降低氨味的同时促进消化。
5、在饲养的中后期（30日龄后），⑴应用蒜醋液（每只肉鸡每次用蒜0.1~0.2克，按蒜：醋=1：4的比例，将蒜碾成蒜泥用醋浸泡）兑水饮服，每日两次，连用4~5天为1疗程。能有效降低氨味、促进食欲、抑菌、提高饲料利用率。⑵在应用抗大肠杆菌病的药物后，应用微生态制剂效果较好。
五、最大限度降低应激反应
在肉鸡饲养过程中，许多应激因素很难避免，如温度高低、通风不良或贼风侵袭、缺水、饲料更换、密度过大、分群、免疫接种等。以上应激因素是大肠杆菌病的重要诱发因素。要防止大肠杆菌病的发生，就必需尽量减少应激。对不可避免的应激，应选用适宜药物减缓应激反应。实践中，应在接种等应激因素前后3天，应用2~2.5倍量的维生素C加维生素E，或电解多维，能明显降低应激反应。在免疫后应用对大肠杆菌敏感的抗菌药物（不含抗病毒成份），能增强鸡的免疫力和抗病力，对减少免疫应激和预防大肠杆菌病的继发感染有很好的效果。
六、有计划选择敏感药物进行预防
在肉鸡生长期最易感染大肠杆菌病的阶段，选用敏感药物预防，显得特别重要。除前述1~5日龄净化鸡群和免疫接种后用药外，在25~30日龄和35~40日龄针对鸡群状况（如出现拉稀等症状时）及时选用敏感药物预防，效果很好。目前，推荐使用先锋氧氟沙星、丁胺卡那、痢普杀、庆大霉素、阿莫西林、大肠杆菌速治、复方大肠杆菌净等，应用效果较好。实践中，应用抗大肠杆菌药和抗病毒药（如病毒唑）联合应用效果更好。但要注意，35日龄后用药一定要选择药物排泄快、残留量低的药物，如阿莫西林、大肠杆菌速治、中草药制剂（如复方大肠杆菌净）等，并加饮蒜醋液或用大蒜素拌料，或应用微生态制剂，确保所养肉鸡符合绿色食品标准。
七、合理调整肠道菌群
由于选用药物抗菌性强、用量大、维持时间长，在杀灭大肠杆菌的同时，肠道正常微生物也深受其害，严重影响了胃肠道的消化吸收功能，降低了饲料利用率。对此，应不失时机的应用微生态制剂来调整肠道菌群，恢复菌群平衡，抑制大肠杆菌繁殖，加速药物排出，对减少药残起着积极作用。
1、净化鸡群后，用0.2%的加酶益生素拌料，同时用1%绿源生饮水，能有效的提高饲料利用率和基础体重，为中后期肉鸡快速生长打下基础。
2、根据鸡群状况，每次药物防治大肠杆菌病后，都要及时应用1%绿源生或发酵EM液饮水。方法如下：用0.5千克红糖溶于5千克40℃左右的温水（深井水或去氯自来水）中，再将0.5千克EM原露加入，用塑料薄膜封口，发现薄膜上凸放气后扎紧，当再上凸时，即为发酵成熟。上述发酵液可兑水450千克给肉鸡自由饮用。
肉鸡大肠杆菌病，预防比治疗更重要。针对其发病特点，采用上述综合性防治措施后，我地大肠杆菌病的发病率明显降低，同时有效地降低了药残，生产的肉鸡品质符合绿色肉鸡标准，有力的促进了出口贸易，提高了养殖效益。
