以三陆地区为中心的东北太平洋地区沿岸的水产基地严重损毁，特别是南三陸、陆前高田、大船渡、気仙沼、石巻、女川、宮古、山田、釜石等渔港在海啸中渔船损毁、流失，水产加工厂被淹，目前通讯仍然中断，无法与水产业者联系。
远离灾区的日本西南部的高知县须崎市野见湾受海啸袭击，养殖的70个鰤鱼塘被毁，57万尾鰤鱼全部流失，真鲷鱼18万尾流失或死亡，估计野见湾水产养殖损失达21亿日元（约合人民币1.68亿元）。
青森县位于日本东北部，也是日本地震和海啸的重灾区之一，全国最大的水产基地——青森县八户地区众多的渔船、鱼市场和水产加工厂被海啸损毁，海岸附近鱼市场和白银町、鲛町和筑港街一带的水产加工厂的设备和厂房严重受损，再加上柴油短缺，估计在相当长时期内无法恢复生产。
