为保障畜禽养殖对生态环境不造成过度影响，该办法规定了5类应划定为禁止养殖区的区域：饮用水水源一级保护区和调水工程干线及其设施的保护区域;风景名胜区、自然保护区的核心区和缓冲区;城镇居民区、文化教育科学研究区等人口集中区域;环境质量达不到功能区标准的区域;法律、法规、规章规定的其他区域。在禁止养殖区内，不得新建畜禽养殖场、养殖小区，已经建成的要按照有关规定限期关闭或者搬迁。饮用水水源二级保护区和重要的河流、湖泊周边地区，高密度饲养区以及法律、法规、规章规定的其他区域，应当划定为控制养殖区。在控制养殖区内，要严格控制畜禽养殖场、养殖小区的数量和规模，不得新建小型畜禽养殖场、养殖小区。
该办法提出，畜禽饲养人员应当符合国家规定的卫生健康标准并接受专业知识培训。患有人畜共患传染病的人员不得直接从事畜禽饲养工作。畜禽养殖者应当为其饲养的畜禽提供适当的繁殖条件和生存、生长环境，禁止使用食品加工过程中产生的动物制品废弃物饲喂畜禽。如果发生畜禽传染病或者疑似传染病，畜禽养殖者应当按规定及时报告疫情，不得瞒报、谎报或者阻碍他人报告动物疫情。如果畜禽养殖者使用食品加工过程中产生的动物制品废弃物饲喂畜禽，或者瞒报、谎报、阻碍他人报告动物疫情，将由相关部门责令改正，并处以2000元以上2万元以下罚款。
该办法规定，发生重大动物疫情时，疫区或者受威胁区内的畜禽养殖者应当严格按照法律、法规、规章的规定和当地人民政府的要求，迅速、有效地采取封锁、隔离、扑杀、销毁、消毒、紧急免疫接种等强制措施。畜禽养殖者还应当严格按照国家规定的处理规程，对病死畜禽进行无害化处理。对因发生重大动物疫病死亡或者扑杀的染疫畜禽，应当送交指定的病死畜禽无害化处理场所进行处理。禁止销售、加工或者随意抛弃病死畜禽。畜禽养殖场、养殖小区出售畜禽，应当向当地动物防疫监督机构提前报检，取得有效的检疫证明。禁止出售未经检疫、检疫不合格或者药物残留超过国家标准的畜禽。对销售、加工或者随意抛弃病死畜禽以及出售药物残留超过国家标准的畜禽的，相关部门将处以2000元以上2万元以下罚款。
