冬季圈舍需要增温保暖而处于一个相对封闭的环境中，会使室内的一氧化碳、二氧化碳及可吸入颗粒物含量都大大增加。这些有害物质会导致猪体呼吸系统的刺激性伤害和免疫力的下降，增加了呼吸道疾病的机会，也会使已有的疾病症状加重。此外，冬季舍内空气过于干燥，飘浮在空气中的细菌和病毒，吸附于机体的机率也大大增加了，容易造成微生物、病菌的大量繁殖，从而导致生猪罹患多种疾病，所以圈舍适时通风和消毒显得很重要。
冬季猪舍的通风和清粪时间宜选择在11-12时，这个时段开窗通风，避免了对猪只造成冷应激。因为清粪时会引起的猪粪大量散发有害气体，所以要先开窗通风，然后再开始清粪。要注意猪栏清洁，若在天气晴朗的日子，下午用水冲洗一下地面，然后通风晾干，可以保证一晚上猪呼吸到新鲜空气，对预防呼吸道病是非常有利的。
标准化150模式猪场，采用负压通风，是排气式通风，通风时猪舍的臭气被大量抽出，舍内空气质量较好，风扇风速固定在1.5米/秒就行。太低不利于排出臭气，太高则要在火道加火保暖。
在冬季，适当改变饲料结构也是一种比较容易、合乎成本而有效的方法。
一、在饲料中减蛋白、添加氨基酸。喂肉猪时，在玉米-大豆粕型饲料中，可将粗蛋白含量降低至10%，添加几种合成氨基酸(如赖氨酸、甲硫氨酸、羟丁氨酸和色氨酸等)。这种低蛋白质、氨基酸平衡饲料跟标准化饲料比较，在猪粪中，可使氮和氨气排出分别为28%和43%，而挥发性脂肪酸则降低50%。
二、在饲料中加喂粗饲料。饲料中添加5%粗饲料(纤维素)，与标准化饲料比较，所产生的新鲜猪粪中的氨气含量、贮存的猪粪中的总氮素、氨态氮都有减少。另外，添加纤维素的饲料，猪只结肠增加了细菌发酵，在猪粪中，氨态氮含量大量减少，大大减少了猪舍臭气。
冬季圈舍通风消毒方法主要有以下几点：
1、适时通风。在中午温度相对较高时，将窗户打开通风一小时。据调查，在空气不流通的室内，空气中的病毒细菌飞沫可飘浮30多个小时。如果常开门窗换气，则污浊空气可随时飘走，而且室内也得到充足的光线，多种病毒、病菌也难以滋生与繁殖。
2、定期消毒。定期对舍内进行消毒，使生猪保持健康生长。消毒药物要轮换使用，用量要根据说明而定，不要擅自加大剂量。消毒前一定要彻底的清扫，消毒时要使地面像下了一层毛毛雨一样，不能太湿（猪容易腹泻）也不能太干（起不到消毒的作用），每个角落都要消毒到。消毒时要让喷头在猪的上方使药液慢慢落下，不要对着猪消毒。
3、预防结冰。冬季舍外的消毒显得很困难，特别是在进入场区和猪舍的通道时设立的消毒池，冬季可能会出现结冰的现象。对于这种情况可以在消毒液中撒一些盐，这样就不会结冰了。还要注意勤换消毒池内的消毒液，防止过期药效降低或失效。
