据工程依托单位中国农业科学院副院长刘旭介绍，工程投入使用以来查明了我国作物种质资源分布规律和富集程度，创建了世界上唯一的长期库、复份库、中期库、种质圃相配套的种质资源保存技术体系，长期安全保存种质资源４０万份，建立了农作物种质资源技术规范体系，鉴定评选优异种质３０００份，育成新品种６５８个，累计推广４２．７亿亩，使我国种质资源研究跻身世界前列。
这项工程还在国际上首创矮败小麦及其高效育种方法，实现了育种家多出、快出和出好品种的愿望，推动了小麦育种的革命。目前已育成新品种４２个，推广１．８５亿亩。矮败小麦及其高效育种方法是小麦育种方法的重大创新，是继杂交水稻之后我国农业领域又一原创性重大科技成果。
在大豆方面，培育出高产高蛋白广适应大豆品种“中黄１３”，推广面积连续３年突破１０００万亩，居全国第一位，是近１５年来全国唯一年推广面积超千万亩的大豆品种；培育出高产高油广适应大豆品种“中黄３５”，２００９年新疆大面积亩产３６４．６８公斤，小面积亩产达４０２．５公斤，创全国大豆单产最高纪录。
在棉花方面，研制了具有自主知识产权的棉花抗虫基因，培育了２２０个转基因抗虫棉品种，累计推广３．３亿亩，使国产转基因抗虫棉占全国抗虫棉市场的９３％以上，累计减少农药使用１．６５亿公斤，实现社会经济效益４６２亿元。
在玉米方面，转植酸酶基因玉米研究导入了我国自行克隆的植酸酶基因，２００９年获得生产应用的安全证书，这是世界第一例获得生产应用许可的转植酸酶基因玉米，对提高我国玉米种业国际竞争力、促进饲料及养殖业的可持续发展将产生重大影响。
