德国萨克森-安哈尔特州对该法案与德国的基本法——国家宪法——的兼容性提出了质疑，声称其过度限制了农民的“专业自由”，并且该数据库是对反对转基因的激进分子的一种邀请——让他们来破坏农作物。该州还认为，对于种子公司来说，这部法案使得针对转基因农作物进行的任何田间试验具有了一种“无法估量的经济风险”。
然而国家高等法院给出的裁决坚定地站在了该法案限制条款的一侧。高等法院写道：“伴随着故意改变基因组的可能性，遗传工程影响了生命的基础结构。如果这样的话，这些介入所产生的后果将是难以消除的。”
高等法院似乎将转基因农作物视为一项未完成的试验。该法院写道：“考虑到对于使用基因工程的长期后果的科学评估依然尚未完成，立法机构有一种特殊的责任来谨慎对待此事，并考虑20a条款，它包括对后代以及保护自然环境负有责任。”20a条款是1994年写入德国宪法的一项条款，它声明国家“应当保护生命的自然基础”。11月24日的裁决是高等法院第一次在一项判决中引用这一条款。
