《通知》指出，准确把握水域滩涂养殖发证登记范围和对象，使用国家所有和集体所有水域滩涂从事养殖生产的，都应取得养殖证，依法从事养殖生产活动，按照保持水域滩涂养殖使用权长期稳定的原则，合理确定养殖证有效期限。除临时养殖区外，使用国家所有水域滩涂的，养殖证期限在不突破国家有关规定上限的基础上，最低不得少于5年，使用集体所有水域滩涂的，一般要与承包合同期限相符合，或在承包期允许的情况下不得少于3年；各级政府和渔业行政主管部门要根据职责分工，积极推进养殖发证登记工作，对符合条件的养殖申请，要严格按规定时限受理、核查、登记、发证，不得推诿拖延。
《通知》强调，各级、各部门要从做好“三农”工作的大局和持续增加农民收入战略高度，切实提高对水域滩涂养殖发证登记工作重要性的认识，进一步增强政治责任感和工作紧近感，加快推进水域滩涂养殖权制度建设，依法保护养殖生产者的合法权益。
《通知》要求，依法科学确定水域滩涂养殖功能，编制发布养殖水域滩涂规划，各级各地要按照政府组织、统筹兼顾、开发保护并重等原则，加强所辖区域内养殖水域滩涂资源的调查、分析和评价，重点做好对养殖水域滩涂区域范围、类型、期限以及养殖方式、开发规模和产业布局的科学规划；要优先将适宜于发展养殖的水域、滩涂确定为养殖功能区，充分保障传统养殖和捕捞渔民生产、生活所需的基本养殖水域、滩涂，并为捕捞渔民转产转业留出发展空间。要将集中连片的传统养殖区、宜渔低洼盐碱地、传统捕捞作业区、人工渔礁区、增殖放流区等主要渔业水域、滩涂和重要水生生物资源的产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等敏感水域、滩涂划定为基本渔业水域，确定基本保有量，实行强制保护；要严格规划编制、修订程序，各级规划都要做好与城乡建设、土地利用、水资源利用等相关规划的衔接，报上一级人民政府渔业行政主管部门备案，报同级人民政府批准发布实施，2011年底前，省、市、县三级要全面完成规划编制工作。
《通知》还提出，各级政府要加强组织领导，把实施养殖证制度列入各级政府工作的重要议事日程，建立规划编制和发证登记工作备案、通报制度；发放养殖证不得收取任何费用，省级财政负责解决养殖证印制经费，县级财政要安排专项经费，主要用于养殖证登记发放的测绘、审核、公示、公告等经费，确保发证登记工作顺利开展；加强物权法的落实，发挥好养殖证的功能和作用，要尽快制定出台养殖水域滩涂征（占）用补偿办法和标准，建立养殖使用权救济制度；积极探索养殖证的物权抵押功能，盘活养殖使用权；开展渔业养殖权政策性保险试点，建立稳定的渔业养殖风险保障制度；要将实施支渔惠渔政策与养殖证紧密挂钩，把养殖证作为各级财政补贴、项目建设和灾害救济的基本条件之一。
