10月初的洪涝灾害使海南省畜牧业损失惨重，8000多个养殖场受灾，大量畜禽死亡，其中生猪死亡16万头，禽类死亡590多万只，畜牧业直接经济损失近4亿元。
水灾之后，省农业厅组织动员全省技术力量，派出18个工作组，赴受灾较重市县开展消毒灭源、免疫接种等紧急防控工作。截至10月25日，全省共对292个自然村、145个规模养殖场开展流行病学调查，尚没有收到有关疫情发生的信息。
对于全省动物防疫和畜牧业恢复生产，省委、省政府高度重视，拨专款8400万元用于救灾补贴和动物防疫。省重大动物疫病防控指挥部要求，各市县畜牧部门应迅速行动，把救灾补贴资金尽快落到实处，确保饲养户得到实惠。各市县要采取切实措施，严防因灾病死畜禽流入市场；简化引入畜禽种苗手续，确保为受灾户恢复生产提供充足种苗；抢修因灾毁损的畜禽栏舍；特别要做好消毒灭源工作，把动物疫病扼杀在点上；加快紧急免疫力度，提高畜禽自身抵抗力,确保灾后无大疫。
