新方案提出，一是进一步优化全国流感监测网络。目前全国流感监测网络共有网络实验室411家、哨点医院556家，每年95%以上的哨点医院能够及时报告监测数据并完成标本采集和运送任务；二是进一步提升监测水平和质量。到2012年底，全国50%以上的省级疾病预防控制中心要建成省级流感参比中心，70%以上的网络实验室能够独立开展病毒分离工作。到2015年底，全国90%以上的省级疾病预防控制中心要建成省级流感参比中心，90%以上的网络实验室能够独立开展病毒分离工作；三是积极发挥中国疾病预防控制中心在全球流感监测网络中的重要作用，逐步具备中国流感疫苗毒株的预测和推荐能力。
新方案要求，各地卫生行政部门要切实加强对流感监测工作的组织领导，保障监测工作所需的人力、物力和财力。各疾病预防控制中心、网络实验室和哨点医院要按照新方案的要求，分工协作，扎实做好流感样病例筛查报告、病例采样、病毒分离、核酸检测、复核鉴定、病毒抗原性分析和基因特性分析等流感监测的各项工作。
新方案还要求地方各级疾病预防控制机构加强对辖区内学校、托幼机构、养老院等重点场所和重点人群的疫情监测，发现流感暴发疫情，严格按照要求及时进行处置。对符合报告标准的流感样病例暴发疫情要及时进行采样和检测，准确判定疫情性质，及时报告。如果发现人感染高致病性禽流感病毒或其他新流感亚型病毒，立即报告，并按国家相关预案规定及时做好应急处置工作
