1.1 优势种群理论
宿主体内的正常微生物群均存在一种或数种优势种群，优势种群的丧失就意味着微生态失调。在动物肠道微生态系统中，厌氧菌占99% 以上，兼性厌氧菌和需氧菌不到1%，因此肠道中的优势种群是厌氧菌。很多微生态制剂的主要成分就是优势种群菌株，其用就在于恢复或补充优势种群，使失调的微生态达到新的平衡。
1.2 生物夺氧理论
多数病原微生物属于需氧菌或兼性厌氧菌，当动物肠道内微生态系统失调、局部氧分子浓度升高时，有利于病原微生物的生长和繁殖。使用微生态制剂可以培育耗氧微生物，降低局部氧分子浓度，抑制病原微生物的生长，恢复失调的微生态平衡，从而达到预防和治疗疾病的目的。
1.3 生物拮抗理论
正常微生物群构成了机体的化学屏障和生物屏障。微生物的代谢产物如乙酸、丙酸、乳酸、抗生素和其它活性物质等共同组成化学屏障；微生物群有秩序地定植于粘膜、皮肤等表面或细胞之间形成生物屏障。补充微生态制剂可以重新构建机体的生物学屏障，阻止病原微生物的定植，发挥生物拮抗作用。
1.4 微生物群与营养关系理论
肠道内正常微生物不仅可以帮助食物的消化吸收，还可合成蛋白质、维生素以及其它有益物质。使用适量的微生态制剂可以显著提高饲料的利用率，并有利于维护机体微量元素的平衡。
1.5 “三流运转”理论
部分微生态制剂可以作为免疫调节因子，增强吞噬细胞的吞噬能力和抗体产生能力；还可以促进有毒物质的代谢，促进肠蠕动，维持粘膜结构完整，从而保证了微生态系统中基因流、能量流和物质流的正常运转。
2 动物微生态的营养作用
2.1 蛋白质合成及氮代谢反刍动物的瘤胃（天然发酵罐）中分布着大量蛋白分解菌和纤毛虫，这些微生物不仅能分解饲料中的蛋白质；又能利用饲料中的氮源合成菌体蛋白，作为动物蛋白的供应源。前者对动物利用饲料蛋白质有不利影响，而后者有利于动物利用饲料中的非蛋白氮。非反刍动物的肠道微生物同样具有双重作用。①肠道微生物具有分解蛋白质的能力，甚至可以分解所有的含氮化合物。有试验结果证明，在肠道微生物群的作用下，普通雏鸡消化道后
部蛋白质与氨基酸的含量明显低于无菌雏鸡；②肠道微生物又具有利用氮源合成氨基酸和蛋白质的能力。
2.2多糖和粗纤维的分解和代谢
瘤胃中存在一类纤维素和半纤维素分解菌，这类菌能产生纤维素酶，可分解纤维素和半纤维素。一部分纤毛虫也能分解纤维素、半纤维素和果胶，分解产物包括葡萄糖、木糖、阿拉伯糖和果胶酸等。这些微生物强大的分解作用使反刍动物能大量利用高纤维含量的粗饲料。肠道微生物还可分解利用动物不能
利用的低聚糖，如：果聚糖、甘露寡糖等。胃肠道微生物的存在有利于动物更好地利用碳水化合物，并能提高饲料消化率。
2.3 脂类分解与代谢
脂肪分解细菌在动物和人的消化道中均有发现。这类细菌的存在可能不利于动物吸收饱和脂肪酸和非饱和脂肪酸。试验证明，无菌大鼠比普通大鼠能更好地吸收脂肪酸，无菌鸡对脂肪的消化率也高于普通鸡。关于肠道微生物群对动物营养代谢的知识大多来源于无菌动物和常规动物的比较研究，由于这些研究未能区别微生物种属，研究的深度不足，所以得出的结果差异较大。
2.4 维生素合成和消耗
研究结果表明，反刍动物、兔、马、猪、禽类等肠道微生物群均可能合成丰富的VB、VK、β胡萝卜素等。另一方面，微生物群对动物肠道合成维生素也有负面影响。Gubler（1991）认为，有些微生物会消耗硫胺素，产生硫胺素酶，增加动物对硫胺素的需要量。
