加强领导，认真部署灾后防疫工作。畜牧兽医部门积极安排部署抗洪救灾和灾后防疫工作。江西省畜牧兽医局成立救灾工作领导小组，实行24小时值班和灾情日报制度。吉林省畜牧业局要求市县两级畜牧兽医部门成立防灾救灾工作领导小组。贵州省派出9个工作组、福建省派出5个工作组、湖北省组织3个督办检查组深入一线开展工作。
加强消毒灭源和死亡动物无害化处理工作。兽医部门及时组织受灾乡镇兽医技术干部、村级防疫员及养殖场（户），开展消毒灭源和死亡畜禽无害化处理工作。截至8月3日，12省（区、市）共无害化处理死亡畜禽2940万头（只、羽），消毒面积累计8.2亿平方米。
加强疫情监测和补免工作，及时排除疫情隐患。加大受灾地区动物疫情监测和流行病学调查力度，加大重大动物疫病免疫抗体监测数量，对抗体不合格畜禽及新补栏畜禽及时进行补免。广西自治区出动人员11万多人次，排查33345个规模养殖场、167万散养户；紧急免疫生猪600多万头。截至8月3日，各受灾省份共紧急免疫畜禽1.5亿头、只（羽）。
强化检疫监督，严防病死畜禽进入流通环节。动物防疫监督机构严格执法，强化全程监管，严厉打击出售、贩运、加工死亡畜禽及其产品的行为。江西省出动执法人员5000多名，检疫畜禽700多万头（羽），消毒运输车辆4万多辆。贵州省组织动物卫生监督执法人员4300人次，巡查畜禽养殖场（户）12万多个（次）、屠宰场250个（次）、牲畜交易市场1300个（次）。
加大宣传力度，提高群防群控能力。通过广播、电视和发放宣传材料等形式，宣传灾后重大动物疫病防疫知识和布病、狂犬病、炭疽等人畜共患病防控知识。福建省印发防控知识问答2万多册。江西省发布防疫信息360多条，编印畜禽养殖技术要点1万多份。
