各级水产畜牧兽医部门树立抗大灾、防大疫的意识，克服麻痹大意思想和侥幸心理，从5月底开始，启动抗洪救灾工作预案；加强24小时值班值守，落实专人收集各地受灾情况；局领导带队派出工作组，分赴各市开展灾后养殖和动物防疫督促检查指导工作。
连续发生的严重洪涝灾害，不少牲畜被洪水冲走、淹死。自治区水产畜牧兽医局第一时间派出工作组赶赴平南、梧州、武宣等地，指导、监督当地做好死猪打捞及无害化处理、疫情排查等工作。畜牧兽医部门派出专家实地核查排查，排除了动物疫病暴发和流行的可能。
据不完全统计，截至6月20日，自治区水产畜牧兽医局紧急调拨171吨消毒药和一批疫苗运往灾区，迅速组织专家、技术人员深入基层，组织、指导灾区群众做好养殖环境清理及消毒工作；派出14个工作组深入各地督查、指导灾后动物防疫工作；全区水产畜牧兽医系统累计筹措救灾经费2000多万元，组织开展高致病性禽流感、口蹄疫、猪瘟、高致病性猪蓝耳病等重大动物疫病的强化免疫；共组织2万多人投入到因洪灾死亡畜禽清理、打捞、无害化处理以及灾后动物疫情排查、疫情监测、预警预报等工作。
对被洪水淹死、冲走畜禽的，各地水产畜牧兽医部门组织人力打捞、进行无害化处理；对渔业受灾严重的地方，抓紧修复池塘、网箱等养殖设施，组织鱼苗生产企业支援灾区恢复生产；对一般灾区，加强技术指导和技术培训，组织开展二次免疫，确保灾后无大疫。
