灾情发生后，建瓯市畜牧兽医水产局迅速组织水产技术人员深入实地进行核实灾情，指导抗洪救灾工作。据不完全统计，建瓯市“6.20”特大洪灾对水产养殖业造成严重影响,直接经济损失1960万元。其中：池塘受灾面积7280亩，损失产量1460吨，经济损失1750万元；网箱受灾25个，损失产量25吨，经济损失30万元；其它经济损失180万元。
这次洪灾造成水产养殖池塘漫塘和崩埂，芝山街道900亩池塘，过水面积530亩，占59%。该街道水产养殖企业建瓯市大甲坪水产养殖场60亩池塘，受洪水淹没，一片汪洋，损失惨重。据该场长郑临秋介绍，在这次水灾中，养殖场共损失产量15吨，其中大规格商品鱼4吨，损失草鱼、湘云鲫等苗种150万尾，共计损失51万余元。建瓯市莲花生态科技有限公司的150亩鱼塘，因垮埂而受灾，据场长何子荣介绍，因降雨时间长，塘埂泥土吸水饱和而垮埂10口，造成150亩鱼塘损坏，损失产量60吨，经济损失40万元。
