2009年，全国畜牧业技术支撑体系在基本完成省级畜牧技术支撑机构改革的基础上，重点推进县乡两级畜牧技术支撑机构改革。截至2009年底，95.8%的地市级和88.7%的县级畜牧技术支撑机构完成了改革，乡镇畜牧兽医站的改革取得较大进展，目前已有81.6%完成了体制改革。改革后的乡镇畜牧兽医站的机构设置趋于合理，人员编制和经费得到初步落实。广西等14个省（区、市）机构改革任务已全面完成。
各级畜牧技术支撑机构以创新推广服务机制为重点，积极进行探索实践，推进体系改革。
（江苏省在继续总结完善如东县机制创新的基础上，充分发挥如东县典型示范引导作用，根据畜牧业发展需求，进一步在全省推广“挂县强农富民”、“挂村强农富民”工程，动员和组织广大基层畜牧科技人员进村入户，深入开展畜牧业科技推广服务。北京、山东、湖北等地的畜牧技术支撑机构积极与现代畜牧产业技术体系对接，探索拓宽技术推广途径。北京市畜牧兽医总站作为建设依托单位，承担了生猪产业技术体系北京市创新团队建设的任务。山东省成立了由畜牧总站两名业务站长任正副组长、本站业务骨干和有关岗位专家参加的山东省畜牧产业技术体系科技协作组，配合岗位专家和指导综合试验站做好相关工作。湖北省畜牧技术推广总站与产业技术体系湖北综合试验站联合举办多期面向农户的技术培训班，邀请国家肉牛产业技术体系、国家家禽产业技术体系的首席科学家现场指导和讲学。这些在机制创新方面的有益探索使畜牧业技术支撑体系焕发了新的生机，积极促进了体系改革的全面推进。
此外，各地在技术推广方面还有很多新举措。浙江省大力推广农牧结合、生态养殖模式，防止畜禽养殖污染，减排COD（化学需氧量）约6万吨，带动种植业等相关产业节本增效5.78亿元。湖北省推出了“150生猪标准化养殖模式”、“153蛋鸡标准化养殖模式”。江西、福建、广西等省区积极发展猪沼果、牧沼林、牧沼草等生态循环养殖模式。山东、吉林、湖南、江苏等地积极探索和推广垫料发酵床养猪。这些模式理念先进、技术配套，操作简便，农牧民干得起、学得会、易推广，在增产增收中发挥了良好的作用。
国家对畜牧业技术支撑体系改革的意见非常明确，农业部也提出了具体要求。面对困难与挑战，全国畜牧总站站长谷继承说：“我们将在已经完成改革的地区，继续巩固和完善取得的成果，重点在创新运行机制、优化服务方法上下功夫，不断推动改革向新的高度发展；没有完成改革的地区，技术支撑机构要主动出击，做好协调沟通工作，确保按期完成改革任务。”
