各级财政支持全省的13个省辖市、50个县分别成立了水生动物卫生监督所和水生动物疫病预防控制中心，组织开展渔业乡村兽医制度试点，指导养殖户科学、安全用药，推动健康养殖等实用技术的普及。
2009年，全省改造、新建鱼虾贝藻池面积近110万亩，其中标准化池塘改造面积达78.8万亩，在池塘养殖中积极推广应用微孔增氧等渔业机械化新技术、新设备。全国首创制定了《太湖流域池塘养殖水排放标准》，率先在苏南地区实施池塘水循环清洁养殖工程，配套建设净化池。
实施渔业生产全程标准化管理，先后承担并组织制修订各类渔业标准近200项，建立覆盖渔业生产、加工、销售全过程的渔业质量标准体系。在全省组织实施“产地准出”和“市场准入”全程质量控制项目，广泛开展生产日志、标签、科学用药、环境监测和出口水产品加工厂的原料监控等“五项制度”。
加大监测力度，每年按30%比例组织对已认定的无公害水产品生产基地进行抽检，并对监测结果进行公开通报，对不符合规范的无公害水产品产地证书予以撤销。对全省范围内的无公害、出口原料供货基地和有一定规模的养殖场、水产品批发市场上生产或销售的2001个水产品样品实施了药残抽样监测，总体合格率为98.5%。
