自然养猪法的优点：解决了粪便处理和恶臭难题在发酵床内，粪尿是微生物资源不断的营养食物，不断地被分解，不再需要对猪尿便采用清扫排放，也不会形成大量的冲圈污水，真正达到养猪零排放的目的。猪生活于这种有机垫料上面，猪的排泄物被微生物作为营养迅速降解、消化，当天就无臭味，只需3天左右的时间，粪便就被微生物分解成非常细的粉末，消失的无影无踪，尿液中的水分被直接蒸发。猪舍不再臭气熏天，发酵床使蝇蛆和虫卵不适合生存，过去长期困扰人们的粪便处理难题得以破解。
减少应激，提高了猪肉品质应激带来的生产问题、疾病风险层出不穷。发酵床结合特殊猪舍，使猪舍通风透气、阳光普照、温湿度均适合于猪只生长。再加上自然养猪法满足了猪只拱土的生物学习性，猪能够健康地生长发育，发病率明显降低，大大减少使用或不再使用抗生素等抗菌药物，避免了药残的存在和耐药性菌株的产生，提高了猪肉品质。经农业部畜禽产品质量安全监督检验测试中心（济南）检测，这种方法饲养的猪，其猪肉达到了国家无公害猪肉标准的要求。
劳动生产效率大幅度提高利用该技术养猪省工节本、提高养猪效益。由于发酵床养猪技术不需要用水冲洗猪舍、不需要每天清除猪粪；生猪发病少，在治病方面的投入少；采用自动给食、自动饮水技术等众多优势，达到了省工节本的目的。由于免除了猪圈的清理，仅此一项就可以节约劳动力近50%，一个人可以饲养500头~1000头肥猪，100头~200头母猪，节约用水75%~90%，这对于提高生猪饲养的规模化水平和实现产业化具有重要意义。
提高了猪的生长速度自然养猪法利用发酵床提供的温和的生物热，克服了冬季寒冷对养猪的不利因素，改善了猪只体感温度，提高了冬季饲养育肥速度，节约了能源，提高了效益。据试验，在舍外温度为－2℃的情况下，舍内温度可达14℃，发酵床温度可达28℃。平均饲养期可以缩短7天~15天，每头猪可节约饲料粮15千克~25千克。
提高了养猪的经济效益即使不考虑人力的节约和优质优价的因素，仅节约的饲料、兽药、水电等费用，每头猪可增加50元~80元。试验结果表明传统养殖成本约每头550元，发酵床养猪仅需约每头430元，增收约每头120元。
变废为宝，改善农村生态环境在发酵制作有机垫料时，锯末、稻壳、花生壳、玉米秸秆等农业废弃物均可作为垫料原料加以使用，通过土壤微生物的发酵，这些废弃物变废为宝，成为环保卫士。据调查，每10平方米的发酵床可以使用1亩地的玉米秸秆。
