条例草案首次审议稿对未按要求运输的并没有明确相应的处罚。草案二次审议稿增加了对运输畜禽产品不符合规定条件的处罚———处2000元以上5万元以下罚款。同时草案二审稿增加了对产品以次充好的处罚规定，种猪和晚阉猪不得用于加工无皮鲜、冻片猪肉，违者处货值金额1倍至3倍的罚款。
对于注水肉，条例草案首次审议稿曾规定，屠宰厂对畜禽及其产品注水或注入其他物质的，将面临货值金额3倍至5倍的罚款。而草案二审稿中规定，往畜类产品注水，对畜禽定点屠宰厂处5万元至10万元的罚款;往禽类产品注水，对畜禽定点屠宰厂处1万元至5万元的罚款;小型畜禽定点屠宰点有注水行为，处1万元至5万元的罚款。
草案二次审议稿还增加了建立举报制度的内容，要求县级以上畜禽屠宰行政主管部门公布举报电话、通信地址或电子信箱，接受对违反本条例规定行为的举报，及时依法处理，并为举报人保密。举报经查实的，要给予奖励。
