1、畜牧业发展支持保护体系还不健全。发展畜牧业投入不足。畜禽遗传资源保护和利用、良繁体系、畜产品质量安全监管、重大动物疫病防控、草原生态补偿等方面的投入，与实际需要差距较大。制约畜牧业发展的贷款难、用地难、粪污处理难等问题还没有解决的有效办法。
2、畜产品质量安全监管和动物疫病防控任务艰巨。从监管对象和防控环境看，畜牧生产分散，饲养环境差异较大，管理水平参差不齐，质量安全管理环节多，国内外动物疫情复杂，发生重大动物疫情的重大隐患依然存在。动物疫病防治技术和药品研发推广水平与防疫需要不相适应。
3、畜牧业生产方式比较落后。畜牧业发展的规模化、标准化以及组织化程度较低，畜禽良种化水平不高，畜禽遗传资源保护形势严峻。
针对目前面临的困难，全国人大常委会畜牧法执法检查报告提出了解决建议。
——建立支持畜牧业持续健康发展的长效机制。落实畜牧法规定的扶持政策，增加财政投入。重点支持畜禽遗传资源保护和良繁体系建设，畜产品质量检验检测基础设施建设，动物疫病防控体系建设，草原生态补偿制度等。加强宏观调控，有效防止畜产品价格大起大落。做好适时推出生猪期货交易的准备工作，探索畜产品价格形成机制。
——加大畜产品质量安全保障和疫病防控能力建设。按照“全程监管、重点监控、及时处置”的原则，采取综合措施，确保畜产品质量安全。规范饲料、饲料添加剂及兽药等投入品的使用，加强畜禽养殖基地和畜产品质量认证推广，大力发展无公害畜产品生产。强化畜禽标识和养殖档案管理，完善可追溯体系。加强畜禽屠宰加工和流通环节监管，完善检测手段，提升监测能力。加强畜产品质量安全风险评估，完善畜产品质量安全事件的快速反应机制。建议有关主管部门近期牵头组织一次对“瘦肉精”和磺胺类药物添加使用的全国性集中治理行动。
——积极推动畜牧业发展方式转变。进一步促进畜牧业产业化水平，鼓励畜产品加工企业、农民专业合作社发展，逐步形成生产、流通、加工等环节的利益联接机制，保护养殖者的经济利益。对分散养殖户，要加强技术、疫病防治等方面的指导和服务。
——加大畜禽遗传资源保护和开发力度。建立畜禽遗传资源监测机制，掌握畜禽遗传资源动态信息，并针对资源变化情况制定有针对性的保护措施，延长有关补贴政策。
——处理好畜牧业发展与环境保护的关系。认真落实草原家庭承包经营、基本草原保护、草畜平衡及禁牧休牧轮牧制度，构建草原生态保护建设的长效机制。
——加快配套法规制定。要尽快制定配套法规规章，进一步细化畜禽养殖行为规范、畜禽污染防治、畜产品质量安全管理、畜禽遗传资源保护、政府对畜牧业投入等方面的规定，明确相关主体责任，增强可操作性。尽快发布中国畜禽遗传资源目录，制定种畜禽生产经营许可证审核发放办法。
