广东板岭种猪场做了4个猪栏，垫料厚80厘米，谷壳和锯末各半，从2008年9月开始试验，在试验过程中，遇到了以下一些问题。
原料问题
从环保的角度出发，垫料只要能用1年，不要说3年，只要成本适当，很多猪场都会使用。但是，垫料的量是一个问题。每平方米的垫料（80厘米厚），需要谷壳和锯末各4包（30千克~35千克），因此，原料的需求量非常大。根据专家介绍，锯末中，桉树的锯末由于不利于菌种的生存而不能使用，只能用其他树木的锯末。如果大范围推广该技术，原料(除了谷壳和锯末)的筛选工作比较重要，因为要有足够的量，而谷壳和锯末的量毕竟有限。 我国很多地区要么小麦产量大，要么稻谷产量大，或者玉米生产量大，而这些作物的秸秆作为农副产品多作为肥料或家畜的饲料使用，价值发挥不充分。如果能粉碎后作为重要的一种垫料成分，应该能解决这一问题。即使这些原料降解的速度与锯末相比比较快，但如果能用1年时间不断进行补充，也会节约相当可观的成本。
垫料位置问题
做发酵高床的猪栏一般垫料层深60厘米~80厘米，而地面多数是不铺水泥的(要求是一定不铺)，在山东等地，料床是挖到地下，床面与地面平，这种做法一方面可节约做砖墙的成本，另一方面添加饲料、驱赶猪十分方便。这种地下栏在北方比较适合，因为北方气候比较干燥，地下水位低，不容易渗水。在南方大部分猪场建在山区，并且很多猪舍是围着山脚而建，如果采用这种方法，由于南方气候潮湿，山区的地下水位一般比较高，如果下面又没铺设水泥地面，当地下水渗透到一定程度时，垫料下层湿度过大，容易变质。 区别不同地区的情况，垫料的位置是在地上还是地下不要一个模式。南方最好在地面上建发酵高床，但可以在下面铺一层稻草，以减少地下水分的影响。
建筑面积问题
根据很多资料和专家的介绍，发酵高床养猪密度为每头1.2平方米~1.5平方米，但没有说明是根据整个栏的面积还是垫料床的面积算出来的。如果是整个栏的面积，那么要把水泥地面的部分(吃料台和饮水台，有的还有晾台。大的占总面积的1/4，小的也占1/10以上)减去，按垫料面积来分，一头猪也就占1平方米左右，作为大猪来说，1平方米的垫料每天要分解l.5千克左右的粪便，还有尿液，应该承受能力达不到，效果也不理想。如果单单是根据垫料面积来算，到大猪的时候，加上饲料台、饮水台，平均每只猪占据面积要1.8平方米~2.0平方米，可能在建筑面积方面要增加相当成本，那就不是每个猪场都能承受得了的。
翻堆问题
目前做试验的猪栏是小栏，垫料的翻堆以人工翻堆为主，没有机器翻堆。根据相关生产厂家和专家介绍，采用大栏(100平方米以上)饲养时，可以采用机器翻堆。但由于猪的排便都有一个习惯，一头猪在一个地方排泄，其他猪也跟着来，没有分散排泄或划定区域排泄的习惯，即使用机器翻堆，聚集在一起的猪粪总要撒开，集中排泄尿液的地方湿度太大，也要经常撒开，总是离不开人工。人工翻堆或清粪，一是容易偷懒，二是人力需要量大，根本不可能一个人饲养400头~500头猪，一个人的工作量最多在300头。这种情况下，最好还是采用大栏饲养，人工辅助机器翻堆。
适应猪群问题
发酵高床养猪并不是任何猪群都适合(国外的福利养猪不同，他们有足够大的面积)。 一个猪场产生污水量最大的是商品猪，商品猪的群体大，是应该处理的重点。但根据发酵高床养猪的密度要求，肉猪舍的建筑面积至少要比以前扩大20％~50％，在我国土地紧张、养猪业在某些地区不受欢迎的情况下，土地数量是一个挑战，有条件的可以做。饲养肉猪时，由于前期猪的体重小时密度大，长到一定体重时要分栏，就存在一个并栏的问题，这要引起注意。保育小猪和分娩舍所产生的污水量比较少，饲养密度要求比较高，并且可以利用发酵高床进行冬季保温，使用效果较好。
饲养保育猪方面，贵州的一些猪场已经取得了一定实效。配种怀孕猪舍，由于猪相对比较固定，单栏或栏舍是固定的，如果搞发酵高床，翻堆不方便。 夏季降温问题 采用发酵高床养猪，春秋冬季影响不大，夏季的高温天气影响很大，特别是南方。高床本身蓄积了一定的热量，如果栏内没有晾台，降温措施就要做足。
高床养猪的降温措施
有的可以参照普通的和现在经常使用的方法，如水帘降温、负压抽风降温，辅以屋顶喷淋水降温效果更显著；也可以在栏内设置足够的晾台或可以移动的水泥板，猪感觉热时可以在上面休息；室内喷雾降温时要注意垫料的湿度，否则菌种发酵会受影响。
猪肉品质问题
发酵高床所饲养的猪除了饲料报酬不如一般猪舍养的猪外，我们做试验的猪肉质方面也发现不如一般猪舍养的猪。2008年12月，经华南农业大学屠宰测定，同样是长白阉公猪，体重同样110千克左右，发酵高床饲养的两头猪和一般商品猪栏饲养的猪比较，除了肉的pH值比较接近外，发酵高床猪在肉的亮度、红度、嫩度、颜色、大理石纹、滴水损失等方面均不如一般商品肉猪栏饲养的猪，特别是大理石纹评分，发酵高床猪1.9，一般商品肉猪栏饲养的猪2.3，这一问题值得进一步进行研究。
应对策略
发酵高床养猪(自然养猪法)技术在一些地区和猪场的使用取得了不错的效果，但还有许多新的问题出现。各级政府在大力推广应用之前，应将可能遇到的问题尽量收集完备，在推广的时候进行宣传，否则养殖场（户）投资后效果不显著，既造成了损失，又浪费了大量的人力、物力。
