营养物质的缺乏对猪只免疫系统的影响比对猪只生长的影响更加明显，因此，猪只易发生各种传染性疾病。比如，在环境温度低的时候，仔猪为了保持体温，仔猪采食后会将一部分饲料能量转化为热量，那么用于猪只生长和免疫器官发育的能量和营养物质相对降低，而仔猪断奶前后是免疫各类疫苗的高峰，这样将会严重影响各类疫苗产生相应疾病的抗体水平，导致仔猪免疫力和抵抗力降低，易感染各种病原体导致疾病的发作。所以，在疾病或各类应激反应过程中，添加足量的维生素、微量元素等营养物质，可提高猪只的抵抗力、免疫力及猪只疾病的恢复，优质的疫苗才会产生其应有的价值体现。
大部分营养物质的慢性缺乏可以损伤免疫应答，影响疫苗的免疫效果，增加对传染性疾病的易感性。在早期发生营养缺乏（尤其是乳仔猪阶段），对免疫系统是特别有害的，这是因为初级淋巴器官（骨髓和胸腺）免疫系统的成熟是逐步发生的，尤其是严重的慢性微量营养物质的缺乏对免疫系统发育的影响比常量营养物质（如能量、蛋白质等）缺乏的影响更严重，这样严重影响疫苗抗原不断刺激淋巴器官产生免疫活性细胞的快慢、数量及免疫活性细胞功能的发挥。
猪的免疫系统在胎儿期开始萌发直到出生后6---8周龄才发育的较为完全，随着生长发育，猪的免疫系统还在不断完善之中。可见，母猪（包括妊娠阶段和哺乳阶段）的营养摄入不仅决定着母猪自身的所接种疫苗免疫效果的好坏，还间接调控着胎猪和乳猪的免疫系统的发育，尤其是超免猪瘟疫苗的猪场（体现体液抗体的重要性）以及1—3日龄滴鼻免疫伪狂犬疫苗的猪场（体现细胞免疫和局部免疫的重要性），营养对胎乳猪疫苗免疫效果方面体现着更加重要的价值，直接决定着断奶后仔猪（保育阶段尤其是保育前期）未来的命运。
断奶前后是疫苗免疫比较密集的时期，疫苗免疫的好坏对猪只以后的生长发育能否起着保驾护航起着关键的作用，优秀的疫苗必须建立在免疫系统完善的基础之上，而免疫系统发育和完善对营养有着特殊的需求。随着猪只日龄的增加，免疫系统不断的发育直至完善，母猪哺乳期通过初乳和常乳给乳猪提供各类免疫活性物质（抗体）和营养来增加乳猪的免疫力及抵抗力，让乳猪避免断奶前后疾病的应激压力。就此我们必须作出两个明智的措施，一个是母猪哺乳期的营养，这是母猪在坐“月子”，一年下来母猪的哺乳期总共也就是40—60天的时间，这个阶段不是我们节省营养降低成本的时期，母猪哺乳期饲养管理的好坏，它具有一箭双雕的作用，不但影响母猪下一胎的繁殖性能及自身的体质，同时也严重影响保护下一胎母猪正常繁殖性能发挥在哺乳期的疫苗免疫效果；另一个就是仔猪的营养（保育期间），此时仔猪的生长和免疫系统的发育都处于高速阶段，对营养物质的缺乏处于非常敏感的时期，如果营养缺乏，那么对仔猪免疫系统发育的影响比对仔猪生长的影响更大，而它的危害不会仅仅局限在生长缓慢这一简单的现象上面，最大的危害是影响优质疫苗的免疫效果，给猪群埋下了疾病的隐患。
仔猪在70日龄之前（保育阶段）是猪一生当中饲料效率最高的时期，总共耗料最多不会超过30kg，与猪达到100kg出栏时总共耗料280kg相比，可以说不值一提。万丈高楼平地起，全凭扎实的根基，有人说过一句话：“仔猪在70日龄保育阶段之前养好了，到了生长育肥阶段不想养好都难”，这句话不无道理。
一般情况下，各类营养物质的缺乏对猪只的影响是整体的和多方面的，尤其是对疫苗免疫效果有影响的营养物质，造成猪只免疫应答迟缓和障碍，不仅影响所接种疫苗的免疫空白期，还会影响猪只所接种的疫苗所产生的对应抗体水平的高低以及疫苗接种后所产生保护的全面性。
Se和VE在动物机体免疫功能方面具有协同作用，VE可增强动物机体所接种疫苗的的免疫水平，具有免疫佐剂的作用。Se和VE的缺乏会导致猪只健康程度的下降，尤其是免疫系统的发育障碍，不仅直接体现Se和VE缺乏的负面现象即造成猪只对传染性疾病的易感性增强和猪只猝死症现象的出现；更重要的是间接危害着疫苗免疫效果的发挥。蛋白质或各类氨基酸的缺乏可以降低猪只机体内循环抗体抵抗病原微生物的能力。猪只必需氨基酸（赖氨酸、蛋氨酸、苏氨酸、色氨酸、亮氨酸等）的缺乏，尤其是苏氨酸的缺乏，严重影响疫苗免疫应答的启动，比如，苏氨酸是动物机体合成免疫球蛋白的一种重要的氨基酸，它的缺乏会抑制免疫球蛋白、T淋巴细胞、B淋巴细胞及其所接种各类疫苗抗体的产生。
某些霉菌毒素、免疫抑制性疾病（蓝耳病、圆环病毒等）或其它未知因素可影响维生素、矿物质、氨基酸的利用，即使饲料中添加量足够，也可引起明显的缺乏症，导致疫苗免疫应答失灵或免疫应答迟钝。尤其是霉菌毒素，不但对猪只免疫系统的损害几乎是毁灭性的打击，使猪只免疫器官如胸腺、脾脏等萎缩，导致机体发生严重的免疫抑制，更严重的影响所接种疫苗的抗体的产生甚至免疫无应答，增加了猪只对猪瘟、伪狂犬、圆环病毒、蓝耳病等疾病的易感性和发病率。大量的实践证明，霉菌毒素的问题决不能忽视，否则，在营养、疫苗免疫等方面所做的一切工作将毫无意义。
疫苗免疫与应激的关系：应激反应的重要机理是各种应激原造成的猪只体内神经—内分泌的显著改变，所有的免疫器官都受到神经系统的支配，神经系统的改变或紊乱必将影响胸腺和外周淋巴组织的异常萎缩及细胞免疫功能缺陷，疫苗的免疫效果不可避免的大大打折。生产过程中饲养管理的不当对猪只的危害是显而易见的，如过冷、过热、混群、断奶、限饲、换饲、长途运输、噪音、疫苗接种等等一系列管理应激均可影响动物机体免疫功能。
当猪只受到外来应激时，血压升高，血液中肾上腺素含量增加，血浆中肾上腺皮质类固醇激素水平提高，导致胸腺、淋巴组织等机能退化，同时，动物机体自身蛋白质分解代谢增强，用于产生免疫球蛋白的原料相对减少，若此时接种疫苗进行免疫，则免疫器官对抗原刺激的应答能力降低，易发生免疫失败；再说，动物机体为了抵抗不良应激，往往使机体防御机能处于一种持续的疲劳状态，使接种的疫苗不能产生应有的坚强免疫力。随着养猪集约化、规模化、工业化的不断提高，同时也给我们带来无法回避的现实，不断接重而来的疾病的压力给我们几乎造成了束手无策。
在现有的条件下（尤其是老猪场），猪舍环境中的病原体数量、病原体浓度、病原体致病性等都已超出了猪只生存的应激能力，导致猪只或高或低都产生严重的免疫抑制，由此而引发的免疫耐受和免疫麻痹，直接影响猪只的疫苗免疫应答。现代养猪人对猪只生存的环境如温度、湿度、卫生条件、饲养密度、空气质量等等提出了更高的要求和新的理念，尤其在冬季，由于通风不良等因素所造成的空气污浊的应激，不断刺激呼吸道、眼等局部黏膜系统，严重影响所接种的疫苗的局部黏膜免疫效果和细胞免疫效果，造成猪只抵抗力、免疫力的下降或疫苗免疫缺陷，给疾病的感染发生造成了可乘之机。
