20世纪暴发的3次人类大流感都与猪流感密切相关，其流行株都经过猪体内基因重排或突变。此次甲型H1N1流感的流行毒株是由猪流感、人流感和禽流感3种流感病毒的基因片段经基因重排而得到的新型变异毒株，猪在此变异毒株的形成过程中极有可能发挥了重要的中间宿主的作用。
研究人员在2004年至2007年间对福建省9个地区的养猪场进行了血清学监测，在1407份血清中，没有检测到H5N1亚型阳性抗体，说明H5N1病毒并没有在猪群中广泛传播，只是在一些地区有偶然感染事件发生。但是研究人员发现，福建地区猪群感染H1N1和H3N2亚型流感病毒非常普遍，H1N1阳性率为47%，H3N2阳性率为28%，其中H1N1占绝对优势，连续两年的阳性率都在50%左右。此外，H9N2阳性率虽然不高，但考虑其重要的公共卫生意义，其流行情况仍值得关注。
据了解，H3N2亚型流感病毒主要存在于人群和猪群中，自1968年以来在全世界范围内广泛流行。研究人员在猪群中分离到5株H3N2亚型人流感病毒和4株H3N2亚型猪流感病毒，5株H3N2亚型人流感病毒的各基因片段均来源于同期的H3N2亚型人流感病毒，而4株H3N2亚型猪流感病毒除个别毒株外，均来源于前期的H3N2亚型人流感病毒。这一结果表明猪流感病毒比人流感病毒进化要慢一些，人和猪的密切接触将导致流感病毒的跨种间传播并产生新基因型的重组流感毒株。
研究人员指出，以上研究表明我国猪群中猪流感病毒日趋复杂，迫切需要建立长期有效的病原学监测体系，以掌握猪流感病毒的流行和遗传变异情况。该研究为我国建立科学而有效的疾病预警体系奠定了重要的理论基础。
