诊疗方案指出，这一疾病的诊断主要结合流行病学史、临床表现和病原学检查，早发现、早诊断是防控与治疗的关键。
诊疗方案明确，符合下列情况之一即可诊断为疑似病例：一是发病前7天内与甲型H1N1流感疑似或确诊病例有密切接触，出现流感样临床表现。二是发病前7天内曾到过甲型H1N1流感流行的国家或地区，出现流感样临床表现。三是出现流感样临床表现，甲型流感病毒检测阳性，但进一步检测排除既往已存在的亚型。
出现流感样临床表现，同时有以下一种或几种实验室检测结果可判定为确诊病例：一是甲型H1N1流感病毒核酸检测阳性；二是分离到甲型H1N1流感病毒；三是血清甲型H1N1流感病毒的特异性中和抗体水平呈4倍或4倍以上升高。
根据诊疗方案，疑似病例要安排单间病室隔离观察，不可多人同室。同时进行甲型H1N1流感病毒特异性检查。及早给予奥司他韦治疗。
确诊病例要由定点医院收治。收入甲型H1N1流感病房，可多人同室。给予奥司他韦治疗。
在此前公布的《人感染猪流感诊疗方案（2009版）》中，诊断分了四个层次，分别是临床观察病例、疑似病例、临床诊断病例和确诊病例。新版中只有两个层次。对此，北京大学第一医院感染疾病科副主任、主任医师徐小元说，这主要是因为之前还没有快速的诊断方法，现在已经有了快速诊断方法，专家组经过多次讨论后认为临床诊断没必要存在了。
