一、疫苗质量不好或使用不当 一般情况下，疫苗的质量取决于生产工艺、技术、运输和贮存等环节。在使用疫苗时，应选择国家指定的定点厂家生产的疫苗。在实际操作中，稀释后的疫苗应尽快在规定时间内用完，否则就会降低疫苗的效价，导致疫苗保护率下降。若一次用不完，剩余的应弃掉。同时，还要避免运输贮存过程中温度忽冷忽热对疫苗质量造成影响。
二、免疫程序不合理 虽然幼畜禽都有母源抗体保护，但抗体水平高低不一，应根据抗体水平的高低来制定合理的免疫程序。在免疫时间的选择上要适当，同时要注意疫苗的毒性。一般首免使用弱毒疫苗，抗体低的上升，抗体高的下降，还要及时进行二免，以防低抗体水平的畜禽发病。对不健康或处于亚健康状态的畜禽群体尽量不进行免疫接种，否则将诱发疾病的发生。饲养实践中，要尽量选择来源相同、同一批次的畜禽进行饲养，避免因母源抗体水平不一而造成免疫失败。
三、某些免疫抑制病的影响 某些疾病致使畜禽个别发病或隐性感染及处于潜伏期感染，如鸡的传染性法氏囊病、白痢、马立克氏病、淋巴白血病、球虫病等，猪的圆环病毒病、猪繁殖与呼吸障碍综合症、猪瘟、猪附红细胞体病等，这些疾病均可破坏机体免疫系统，影响免疫应答，引起免疫抑制。另外，VE、Se以及黄曲霉中毒等也可侵害免疫器官，造成免疫失败，从而使得畜禽免疫后仍会发生疾病。
四、强毒、超强毒感染和变异毒株的出现 有些养殖场（户）在某病免疫后不久，畜禽又发生该病。这主要是因为免疫后疫苗还没起效，机体还未产生坚强的免疫力，畜禽又感染上强毒或者该病出现毒株变异，而使疫苗根本起不到效果，反而会加重疫病的流行。
由此可见，免疫接种能减少疫病的发生率，但不能保证免疫后畜禽100%不再发病。我们知道，传染病的流行需要三个环节：传染源、传播途径和易感动物。只要环境中具备了这三个条件，传染病就会发生。因此，在饲养过程中要注意采取综合措施预防疫病的发生。如：畜禽饲养“全进全出”；加强饲养管理，增强机体抵抗力；根据畜禽健康状况选择合理的免疫程序，并正确使用疫苗免疫接种，尽量避免一些内在的和外界因素影响免疫效果。同时，应采取环境消毒灭源和药物预防等综合性防制措施，以减少畜禽疫病，提高养殖效益。
