武汉疫情发生后，农业部高度重视，就口蹄疫防控工作提出了明确要求，并立即派出工作组赴武汉开展流行病学调查，加大防控工作力度，防止疫情扩散蔓延。湖北省迅速启动突发重大动物疫情II级应急响应。切实加大扑疫力度，农业、卫生、公安、武警、质检等各部门密切配合，严密封锁疫区，坚决落实各项扑疫措施，对发病及同群牛9858头已全部扑杀并进行无害化处理。湖北省迅速成立了牲畜口蹄疫防控高级专家指导组，及时制定完善有关技术规范、技术流程和工作方案，各项疫情处置工作有力有序有效进行。目前，武汉疫区已连续19天没有新发疫情，农业部正组织专家组对武汉市防控工作进行评估分析，按程序解除疫区封锁。
在重点抓好武汉市疫情处置工作的同时，农业部对全国防控工作也及时作出全面部署。农业部连续下发4个紧急通知，及时向各地通报情况，部署工作。从2月10日暂停全国奶牛、种牛调运，在全国范围内开展大规模疫情监测和流行病学调查工作。督促有关科研单位加快诊断试剂生产，努力扩大产能，努力满足紧急防疫需要。目前已向各地调拨4万头份诊断试剂。
1月22日、2月11日，农业部两次向世界动物卫生组织（OIE）和有关国家通报武汉市疫情。
